PDB-2v19: Crystal structure of the T. thermophilus dodecin R45A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v19

タイトル

Crystal structure of the T. thermophilus dodecin R45A mutant

要素

DODECIN

キーワード

FLAVOPROTEIN / FLAVIN BINDING PROTEIN / DODECINS / FLAVIN DIMER / PUTATIVE STORAGE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Meissner, B. / Essen, L.-O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Dodecin from Thermus Thermophilus, a Bifunctional Cofactor Storage Protein.
著者: Meissner, B. / Schleicher, E. / Weber, S. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2007年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月3日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v19.cif.gz	189.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v19.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v19_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v19_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	2v19_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	2v19_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ux9C 2v18C 2v21C 1mogS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ux9-1 2v18-d 2vyx-d 5ys2-2 2hwj-1 5fsb-3 2yj0-1 4dj3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DODECIN

B: DODECIN

C: DODECIN

D: DODECIN

E: DODECIN

F: DODECIN

G: DODECIN

H: DODECIN

I: DODECIN

J: DODECIN

K: DODECIN

L: DODECIN

ヘテロ分子

104 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.294, 68.494, 229.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9312, -0.32813, 0.15872), (-0.33314, 0.5895, -0.73587), (0.1479, -0.73812, -0.65826)	55.95205, -9.94296, -46.28741
2	given	(-0.07055, 0.97138, -0.22681), (-0.28941, -0.23752, -0.92727), (-0.9546, 0.00022, 0.29788)	12.85405, -10.1767, 3.74075
3	given	(-0.29806, 0.76462, -0.57141), (0.20752, 0.63621, 0.74308), (0.93172, 0.1029, -0.3483)	10.16242, 19.14417, -63.38848
4	given	(0.01912, 0.54248, 0.83985), (-0.82468, -0.46637, 0.32001), (0.56528, -0.69873, 0.43846)	44.85554, 41.27356, -25.11373
5	given	(-0.06747, -0.29786, -0.95222), (0.97437, -0.22496, 0.00133), (-0.21461, -0.92773, 0.3054)	1.42923, -14.98958, -7.53746
6	given	(-0.9546, -0.11753, -0.27374), (-0.11471, -0.703, 0.70188), (-0.27493, 0.70141, 0.6576)	42.26832, 36.65581, -8.44409
7	given	(0.88465, 0.45191, 0.11474), (0.45171, -0.89169, 0.02931), (0.11555, 0.0259, -0.99296)	2.76851, 4.31198, -61.10047
8	given	(0.02635, -0.82744, 0.56093), (0.54358, -0.45906, -0.7027), (0.83894, 0.32343, 0.43769)	47.16928, -22.64051, -39.7762
9	given	(0.35099, -0.90506, 0.24017), (-0.46748, 0.05287, 0.88242), (-0.81134, -0.422, -0.40453)	30.40783, 44.75162, -17.04535
10	given	(-0.30169, 0.21213, 0.92951), (0.76104, 0.64083, 0.10076), (-0.57428, 0.73779, -0.35478)	58.1334, -13.54142, -30.68601
11	given	(0.34709, -0.45498, -0.82007), (-0.90938, 0.05048, -0.41289), (0.22926, 0.88907, -0.39623)	-3.81682, 18.16955, -53.28222

#1: タンパク質	DODECIN / HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431 分子量: 7542.619 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 2-69 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q5SIE3
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 45 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, ARG 45 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, ARG 45 TO ALA
非ポリマーの詳細	COENZYME A (COA): COA IS BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES FLAVIN MONONUCLEOTIDE ...COENZYME A (COA): COA IS BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): FMN IS BOUND AS DIMERS ALONG THE TWOFOLD SYMMETRY AXES. DIMER B,H IS OMITTED SINCE ONLY RESIDUAL ELECTRON DENSITY IS OBSERVED
配列の詳細	RESIDUE T69 NOT DEFINED IN ALL CHAINS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5 AND 15% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 11 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月22日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→25 Å / Num. obs: 32742 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.59→2.66 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOG

1mog

解像度: 2.59→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 18.527 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.908 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1018	3.1 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.207	31678	96.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6336	0	891	36	7263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	7338
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.002	2.117	10004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.572	3	11662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.928	5	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.487	24.167	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.381	15	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.232	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.396	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.528	1.5	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.86	2	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.049	3	4231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.544	4.5	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	868	tight positional	0.08	0.05
2	B	868	tight positional	0.09	0.05
3	C	868	tight positional	0.08	0.05
4	D	868	tight positional	0.08	0.05
5	E	868	tight positional	0.07	0.05
6	F	868	tight positional	0.08	0.05
7	G	868	tight positional	0.08	0.05
8	H	868	tight positional	0.08	0.05
9	I	868	tight positional	0.07	0.05
10	J	868	tight positional	0.07	0.05
11	K	868	tight positional	0.07	0.05
12	L	868	tight positional	0.07	0.05
1	A	92	medium positional	0.67	0.5
2	B	92	medium positional	0.82	0.5
3	C	92	medium positional	0.84	0.5
4	D	92	medium positional	1.06	0.5
5	E	92	medium positional	0.79	0.5
6	F	92	medium positional	2.04	0.5
7	G	92	medium positional	0.94	0.5
8	H	92	medium positional	1.03	0.5
9	I	92	medium positional	0.99	0.5
10	J	92	medium positional	1.14	0.5
11	K	92	medium positional	1.18	0.5
12	L	92	medium positional	1.25	0.5
1	A	868	tight thermal	0.3	0.5
2	B	868	tight thermal	0.31	0.5
3	C	868	tight thermal	0.27	0.5
4	D	868	tight thermal	0.25	0.5
5	E	868	tight thermal	0.26	0.5
6	F	868	tight thermal	0.29	0.5
7	G	868	tight thermal	0.27	0.5
8	H	868	tight thermal	0.26	0.5
9	I	868	tight thermal	0.25	0.5
10	J	868	tight thermal	0.26	0.5
11	K	868	tight thermal	0.26	0.5
12	L	868	tight thermal	0.24	0.5
1	A	92	medium thermal	2.15	4
2	B	92	medium thermal	2.47	4
3	C	92	medium thermal	2.73	4
4	D	92	medium thermal	2.65	4
5	E	92	medium thermal	1.99	4
6	F	92	medium thermal	1.97	4
7	G	92	medium thermal	3.44	4
8	H	92	medium thermal	2.63	4
9	I	92	medium thermal	2.31	4
10	J	92	medium thermal	1.62	4
11	K	92	medium thermal	2.81	4
12	L	92	medium thermal	2.15	4

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.336	51
R_work	0.361	1407

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)