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万見
- PDB-2v0v: Crystal Structure of Rev-Erb beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v0v
タイトルCrystal Structure of Rev-Erb beta
要素ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC / RECEPTOR / REPRESSOR / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / CONSTITUTIVE REPRESSION / TRANSCRIPTION REGULATION / ORPHAN RECEPTOR / A-HELICAL SANDWICH / METAL-BINDING / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Woo, E.-J. / Jeong, D.G. / Lim, M.-Y. / Jun Kim, S. / Eon Ryu, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Insight Into the Constitutive Repression Function of the Nuclear Receptor Rev-Erbbeta
著者: Woo, E.-J. / Jeong, D.G. / Lim, M.-Y. / Jun Kim, S. / Kim, K.-J. / Yoon, S.-M. / Park, B.-C. / Eon Ryu, S.
履歴
登録2007年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _software.name
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2
B: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2
C: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2
D: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7774
ポリマ－87,7774
非ポリマー00
水1,72996
1
A: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9441
ポリマ－21,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9441
ポリマ－21,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9441
ポリマ－21,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9441
ポリマ－21,9441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.456, 102.456, 143.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99868, -0.04858, 0.01665), (-0.04847, 0.9988, 0.00699), (-0.01697, 0.00617, -0.99984)-1.30339, 0.91793, 18.78336
2given(-0.08449, 0.99569, 0.03837), (0.99641, 0.08425, 0.00776), (0.00449, 0.03889, -0.99923)-3.50674, 51.04293, -17.22289
3given(0.06159, 0.9957, 0.0692), (-0.99801, 0.06048, 0.01809), (0.01383, -0.07017, 0.99744)-47.98832, -6.59137, 38.27809

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要素

#1: タンパク質
ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D2 / EAR-1R / ORPHAN NUCLEAR HORMONE RECEPTOR BD73 / REV-ERB BETA


分子量: 21944.166 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 386-579 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14995
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000 18%, ISOPROPANOL 10%, 100 MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 29048 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→99 Å / Num. parameters: 23276 / Num. restraintsaints: 23794 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 1357 5 %RANDOM
all0.1376 27157 --
obs0.1765 -93.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5818
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5714 0 0 96 5810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0229
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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