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- PDB-2v0n: ACTIVATED RESPONSE REGULATOR PLED IN COMPLEX WITH C-DIGMP AND GTP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v0n
タイトルACTIVATED RESPONSE REGULATOR PLED IN COMPLEX WITH C-DIGMP AND GTP- ALPHA-S
要素RESPONSE REGULATOR PLED
キーワードLYASE / BERYLLIUM FLUORIDE MODIFICATION / ALLOSTERIC PRODUCT INHIBITION / RESPONSE REGULATOR / CELL CYCLE / TRANSDUCER / MAGNESIUM / TWO-COMPONENT SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / cell differentiation / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-C2E / GUANOSINE-5'-RP-ALPHA-THIO-TRIPHOSPHATE / Response regulator PleD / Response regulator PleD
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Wassmann, P. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure of Bef3--Modified Response Regulator Pled: Implications for Diguanylate Cyclase Activation, Catalysis, and Feedback Inhibition
著者: Wassmann, P. / Chan, C. / Paul, R. / Beck, A. / Heerklotz, H. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESPONSE REGULATOR PLED
B: RESPONSE REGULATOR PLED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,09818
ポリマ－100,7772
非ポリマー4,32116
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13930 Å2
ΔGint-87.41 kcal/mol
Surface area40540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.965, 132.557, 88.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 8
2111B2 - 8
1211A12 - 15
2211B12 - 15
1311A17 - 32
2311B17 - 32
1411A34 - 40
2411B34 - 40
1511A45 - 51
2511B45 - 51
1611A54 - 58
2611B54 - 58
1711A60 - 70
2711B60 - 70
1811A72 - 75
2811B72 - 75
1911A77 - 83
2911B77 - 83
11011A86 - 87
21011B86 - 87
11111A94 - 103
21111B94 - 103
11211A112 - 116
21211B112 - 116
11311A118 - 120
21311B118 - 120
11411A169 - 176
21411B169 - 176
11511A180 - 201
21511B180 - 201
11611A203 - 220
21611B203 - 220
11711A226 - 232
21711B226 - 232
11811A241 - 249
21811B241 - 249
11911A260 - 263
21911B260 - 263
12011A265 - 269
22011B265 - 269
12111A501 - 502
22111B501 - 502
1121A302 - 319
2121B302 - 319
1221A321 - 332
2221B321 - 332
1321A342 - 351
2321B342 - 351
1421A353 - 388
2421B353 - 388
1521A396 - 405
2521B396 - 405
1621A409 - 419
2621B409 - 419
1721A424 - 434
2721B424 - 434
1821A443 - 445
2821B443 - 445
1921A447 - 450
2921B447 - 450
11021A503 - 506
21021B503 - 506

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.383024, -0.920861, 0.072854), (-0.920917, 0.374507, -0.107962), (0.072134, -0.108445, -0.991482)134.58675, 100.08495, 126.97483
2given(-0.959115, -0.262122, -0.106727), (-0.261474, 0.676377, 0.688583), (-0.108306, 0.688336, -0.717261)160.52356, -14.84819, 97.72406

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RESPONSE REGULATOR PLED / STALKED CELL DIFFERENTIATION-CONTROLLING PROTEIN / PLED


分子量: 50388.562 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BERRYLIUM FLUORIDE MODIFICATION OF A 53 AND B 53
由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
株: CB15 / プラスミド: PRUN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q9A5I5, UniProt: B8GZM2*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -

-
非ポリマー , 7種, 30分子

#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#5: 化合物 ChemComp-GAV / GUANOSINE-5'-RP-ALPHA-THIO-TRIPHOSPHATE


分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN SOLUTION: 100 MICROM PLED, 0.2 MM C-DI-GMP, 1 MM GTP-ALPHA-S, 1 MM BECL2, 10 MM NAF, 10 MM MGCL2 RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 8.0, 0.73 M NA2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→73 Å / Num. obs: 39328 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 6.05 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W25

1w25


解像度: 2.71→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 25.687 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1969 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 37302 94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7012 0 272 14 7298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5052.0179807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.007311800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7565895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25822.828297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.933151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9551577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.24837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24079
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0840.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.55819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51527158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72533141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1544.52649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1920tight positional0.050.05
12B1920tight positional0.050.05
21A1538tight positional0.080.05
22B1538tight positional0.080.05
11A1920tight thermal0.130.5
12B1920tight thermal0.130.5
21A1538tight thermal0.150.5
22B1538tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.447 98
Rwork0.386 1655
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3157-0.57251.70352.1307-0.76562.455-0.048-0.17250.09190.22170.04830.0262-0.0169-0.0792-0.0003-0.06690.06040.0219-0.14720.0137-0.123394.89626.670784.5847
20.268-0.29460.17662.6018-0.48890.80870.00490.1293-0.1448-0.35040.0589-0.02780.2078-0.1732-0.0639-0.0774-0.0240.07110.073-0.02060.113780.2877-0.711271.0038
32.71730.3593-0.35482.7013-0.38762.1677-0.150.2479-0.4295-0.29760.0853-0.0910.40290.00140.0647-0.20070.0125-0.0173-0.2467-0.0406-0.239171.74751.548355.3128
41.89080.0065-1.39621.81171.1573.3811-0.01540.08010.1148-0.1034-0.02230.2807-0.1761-0.36330.0377-0.11040.03870.0481-0.0815-0.0136-0.116998.90345.254148.883
52.5749-1.471-1.93741.05751.13961.46260.037-0.30730.19270.08460.084-0.1076-0.12870.2625-0.1210.1292-0.04960.0168-0.01360.0123-0.0701109.10417.813462.7982
61.5970.8337-0.52794.3999-1.52172.70680.2334-0.3271-0.41680.6109-0.1788-0.03040.0279-0.0468-0.0546-0.0137-0.0627-0.0969-0.15040.0288-0.138872.404839.256885.717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 131
2X-RAY DIFFRACTION1A132 - 157
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
4X-RAY DIFFRACTION2A158 - 271
5X-RAY DIFFRACTION2A272 - 299
6X-RAY DIFFRACTION3A300 - 454
7X-RAY DIFFRACTION3A503 - 506
8X-RAY DIFFRACTION3A600 - 602
9X-RAY DIFFRACTION4B2 - 131
10X-RAY DIFFRACTION4B132 - 157
11X-RAY DIFFRACTION4B501 - 502
12X-RAY DIFFRACTION5B158 - 271
13X-RAY DIFFRACTION5B272 - 299
14X-RAY DIFFRACTION6B300 - 454
15X-RAY DIFFRACTION6B503 - 506
16X-RAY DIFFRACTION6B600 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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