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- PDB-2v0m: Crystal structure of human P450 3A4 in complex with ketoconazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v0m
タイトルCrystal structure of human P450 3A4 in complex with ketoconazole
要素CYTOCHROME P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE / ENDOPLASMIC RETICULUM / DRUG METABOLIZING ENZYME / KETOCONAZOL / POLYMORPHISM / MONOOXYGENASE / P450 / NADP / IRON / HEME / CYP3A4 / MEMBRANE / MICROSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / aflatoxin metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / vitamin D metabolic process / steroid catabolic process / Atorvastatin ADME / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / long-chain fatty acid biosynthetic process / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / cholesterol metabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KLN / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sjogren, T. / Ekroos, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Ligand Promiscuity in Cytochrome P450 3A4
著者: Ekroos, M. / Sjogren, T.
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年6月26日ID: 2J0C
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 3A4
B: CYTOCHROME P450 3A4
C: CYTOCHROME P450 3A4
D: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,64316
ポリマ－221,9264
非ポリマー6,71712
水00
1
A: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1614
ポリマ－55,4811
非ポリマー1,6793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1614
ポリマ－55,4811
非ポリマー1,6793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1614
ポリマ－55,4811
非ポリマー1,6793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1614
ポリマ－55,4811
非ポリマー1,6793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)228.942, 66.363, 146.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME P450 3A4 / QUININE 3-MONOOXYGENASE / CYPIIIA4 / NIFEDIPINE OXIDASE / TAUROCHENODEOXYCHOLATE 6-ALPHA- ...QUININE 3-MONOOXYGENASE / CYPIIIA4 / NIFEDIPINE OXIDASE / TAUROCHENODEOXYCHOLATE 6-ALPHA- HYDROXYLASE / NF-25 / P450-PCN1


分子量: 55481.480 Da / 分子数: 4 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 24-502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE
参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, EC: 1.14.13.67
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-KLN / 1-ACETYL-4-(4-{[(2S,4R)-2-(2,4-DICHLOROPHENYL)-2-(1H-IMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1,3-DIOXOLAN-4-YL]METHOXY}PHENYL)PIPERAZINE


分子量: 531.431 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28Cl2N4O4
配列の詳細THE SEQUENCE CONFLICTS CAN BE DERIVED TO A SEQUENCING ERROR IN THE ORIGINAL WORK DESCRIBING THE ...THE SEQUENCE CONFLICTS CAN BE DERIVED TO A SEQUENCING ERROR IN THE ORIGINAL WORK DESCRIBING THE PROTEIN SEQUENCE, REFERENCES ARE GIVEN IN THE UNIPROT ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: HANGING DROP CRYSTALLISATION USING 1:1 RATIO OF PROTEIN AT 20-27 MG/ML IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.2, 0.2 MM POTASSIUM CHLORIDE, 20% (V/V) GLYCEROL, 2 MM DITHIOTHREITOL, 1MM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.8 Å / Num. obs: 52714 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W0E

1w0e


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 16.124 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 2654 5.1 %
Rwork0.218 --
obs0.22 49153 97.1 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å22.01 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14650 0 418 0 15068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.080.02215473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1752.04221004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.21751812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98523.959634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.854152733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9171584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.27350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.210702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.59435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.715214965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.73136848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2054.56031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.347 179
Rwork0.269 3476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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