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- PDB-2uyr: Crystal structure of Bacillus cereus sphingomyelinase mutant :N57A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uyr
タイトルCrystal structure of Bacillus cereus sphingomyelinase mutant :N57A
要素SPHINGOMYELINASE C
キーワードHYDROLASE / N57A METAL ION OF SIDE-EDGE / BACILLUS CEREUS SPHINGOMYELINASE / HEMOLYSIS / CYTOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelinase C/phospholipase C / Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingomyelinase C
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oda, M. / Tsuge, H. / Sakurai, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Cereus Sphingomyelinase Mutant : N57A
著者: Oda, M. / Tsuge, H. / Sakurai, J.
履歴
登録2007年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: SPHINGOMYELINASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2962
ポリマ－34,2721
非ポリマー241
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.090, 63.927, 101.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPHINGOMYELINASE C / SPHINGOMYELINASE / SPHINGOMYELIN PHOSPHODIESTERASE / SMASE / SMPLC / CEREOLYSIN B


分子量: 34271.926 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 株: IAM 1029 / Variant: N57A / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: P11889, sphingomyelin phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, ASN 84 TO ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M CALCIUM ACETATE 0.2 M SODIUM CACODYLATE (PH7.5) 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGING PLATE / 日付: 2006年6月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.44 Å / Num. obs: 14493 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4I位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DDT

2ddt


解像度: 2.4→54.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 6.142 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 724 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 13721 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→54.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2361 0 1 89 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0590.027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9353293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.761313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1755298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.53925.862116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71815398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.305155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2740.210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1391.51521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1061.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04622420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7131040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1414.5873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 50 -
Rwork0.184 955 -
obs--95.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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