PDB-2uyj: Crystal structure of E. coli TdcF with bound ethylene glycol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uyj

タイトル

Crystal structure of E. coli TdcF with bound ethylene glycol

要素

PROTEIN TDCF

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / YJGF/YER057C/UK114 FAMILY / ETHYLENE GLYCOL / TDCF PROTEIN / LIGAND BINDING / 2-KETOBUTYRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-threonine catabolic process to propionate / threonine metabolic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / deaminase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Burman, J.D. / Stevenson, C.E.M. / Sawers, R.G. / Lawson, D.M.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of Escherichia Coli Tdcf, a Member of the Highly Conserved Yjgf/Yer057C/Uk114 Family.
著者: Burman, J.D. / Stevenson, C.E.M. / Sawers, R.G. / Lawson, D.M.

履歴

登録	2007年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月12日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uyj.cif.gz	86.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uyj.ent.gz	66 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uyj_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uyj_full_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示
XML形式データ	2uyj_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	2uyj_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uykC 2uynC 2uypC 1qu9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2uyp-d 2c0h-d 2csl-1 2uyn-d 3m4s-2 6zrx-1 3l7q-3 4mu9-2 2uyk-d 3r0p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN TDCF

B: PROTEIN TDCF

C: PROTEIN TDCF

ヘテロ分子

42.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.671, 86.224, 62.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2034- HOH
2	1	A-2049- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.21144, 0.84524, -0.49077), (0.64947, 0.25373, 0.7168), (0.7304, -0.4703, -0.49531)	2.43357, -6.15162, 23.28669
2	given	(0.21883, 0.63127, 0.74405), (0.8418, 0.26347, -0.47112), (-0.49344, 0.72944, -0.47375)	-13.51874, 10.07498, 16.57422
3	given	(0.21467, 0.8356, -0.50566), (0.63183, 0.27599, 0.7243), (0.74478, -0.47498, -0.46872)	2.87474, -6.63494, 22.75538

#1: タンパク質	PROTEIN TDCF / TDCF 分子量: 14068.104 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MC4100 / プラスミド: PETHF1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AGL2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 10% PEG 1000, 8% PEG 8000, NO BUFFER, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月22日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→23.72 Å / Num. obs: 16863 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.81
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QU9

1qu9

解像度: 2.35→23.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 6.633 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	854	5.12 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.175	16837	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.897 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.808 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.089 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→23.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2876	0	8	205	3089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.8	1.973	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.889	25.225	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.977	15	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.709	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.28	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.109	1.5	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.736	2	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.751	3	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.351	4.5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 9.62→23.32 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.415	13
R_work	0.244	253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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