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- PDB-2uxy: Aliphatic amidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uxy
タイトルAliphatic amidase
要素ALIPHATIC AMIDASE
キーワードHYDROLASE / NITRILASE SUPERFAMILY / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / ACYL TRANSFER / THIOL ENZYMES / HYDROXAMIC ACID / ALIPHATIC AMIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


amidase / carbon utilization / amide catabolic process / amidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能
Aliphatic amidase / : / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Andrade, J. / KArmali, A. / Carrondo, M.A. / Frazao, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of Amidase from Pseudomonas Aeruginosa Showing a Trapped Acyl Transfer Reaction Intermediate State.
著者: Andrade, J. / Karmali, A. / Carrondo, M.A. / Frazao, C.
履歴
登録2007年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALIPHATIC AMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1362
ポリマ－38,0401
非ポリマー961
水5,495305
1
A: ALIPHATIC AMIDASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,81712
ポリマ－228,2416
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.706, 102.706, 151.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

HOH

21A-2108-

HOH

31A-2236-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ALIPHATIC AMIDASE / ACYLAMIDE AMIDOHYDROLASE


分子量: 38040.121 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-341 / 由来タイプ: 天然
詳細: AN ACYL REACTION INTERMEDIATE WAS FOUND BOUNT TO SG OF CYS166
由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P11436, amidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AN ACYL TRANSFER REACTION INERMEDIATE IS COVALENTLY BOUND TO SG ATOM OF CYS166

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS OF 5 MICRO-L OF 25 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50 MM TRIS-HCL PH 7.2, 5 MM DTT AND 1 MM EDTA, PLUS 2 MICRO-L OF WELL SOLUTION 15% PEG 4K AND 0.2M AMMONIUM SULPHATE PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→42.67 Å / Num. obs: 115216 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / % possible all: 51.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEIN HKL2MAP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.25→1.28 Å / Num. parameters: 27871 / Num. restraintsaints: 35602 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER DICTIONARY WAS SETUP ASSUMING A SP3 HYBRIDIZATION ON THE CENTRAL CARBON WITH A SINGLE BOND TO ITS NEIGHBORING OXYGEN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1355 1744 1.5 %RANDOM
all0.1107 115216 --
obs0.1112 -51.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 28 / Occupancy sum hydrogen: 2538.86 / Occupancy sum non hydrogen: 2968.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→1.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2661 0 5 305 2971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0317
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.131
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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