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- PDB-2uxt: SufI Protein from Escherichia Coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uxt
タイトルSufI Protein from Escherichia Coli
要素PROTEIN SUFI
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUFI / PERIPLASMIC / CUPREDOXIN-LIKE / FTS MUTANT SUPPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsZ-dependent cytokinesis / response to ionizing radiation / cell division site / response to stress / outer membrane-bounded periplasmic space / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / copper ion binding / cell division
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsP / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...Cell division protein FtsP / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsP
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tarry, M.J. / Roversi, P. / Sargent, F. / Berks, B.C. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Escherichia Coli Cell Division Protein and Model Tat Substrate Sufi (Ftsp) Localizes to the Septal Ring and Has a Multicopper Oxidase-Like Structure.
著者: Tarry, M. / Arends, S.J. / Roversi, P. / Piette, E. / Sargent, F. / Berks, B.C. / Weiss, D.S. / Lea, S.M.
履歴
登録2007年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN SUFI
B: PROTEIN SUFI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4902
ポリマ－100,4902
非ポリマー00
水7,314406
1
A: PROTEIN SUFI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2451
ポリマ－50,2451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEIN SUFI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2451
ポリマ－50,2451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.470, 89.550, 153.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.311, 0.791, 0.527), (0.763, -0.539, 0.358), (0.567, 0.29, -0.771)
ベクター: -36.33522, 27.83558, 48.16548)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN SUFI / SUFI


分子量: 50244.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: P60-SUFI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): PREP4 / 参照: UniProt: P26648
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細6-HIS TAGGED AT THE CTERMINUS WITH ARG-SER LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 2.35 M NACL, 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.25

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.974
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→77.4 Å / Num. obs: 58949 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 1.688 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.13.1.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PF3

1pf3


解像度: 1.9→39.84 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO / 詳細: STRUCTURE REFINED IN BUSTER-TNT VERSION BETA 2.1.1
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
all0.193 58900
obs0.191 58900
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6608 0 0 406 7014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00567842
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.93891912
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0051722
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0149775
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.988678420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0361055
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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