PDB-2uv0: Structure of the P. aeruginosa LasR ligand-binding domain bound t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uv0

タイトル

Structure of the P. aeruginosa LasR ligand-binding domain bound to its autoinducer

要素

TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

キーワード

TRANSCRIPTION / ACYL-HOMOSERINE LACTONE RECEPTOR / QUORUM SENSING / TRANSCRIPTION REGULATION / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH

機能・相同性

機能・相同性情報

: / regulation of elastin catabolic process / quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bottomley, M.J. / Muraglia, E. / Bazzo, R. / Carfi, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular Insights Into Quorum Sensing in the Human Pathogen Pseudomonas Aeruginosa from the Structure of the Virulence Regulator Lasr Bound to its Autoinducer.
著者: Bottomley, M.J. / Muraglia, E. / Bazzo, R. / Carfi, A.

履歴

登録	2007年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uv0.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uv0.ent.gz	118 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/2uv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ix4-1 1qlj-d 6d6b-2 6d6c-5 6d6b-1 6d6a-2 3m12-1 6d6c-4 6d6c-6 3ix8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

F: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

G: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

H: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

ヘテロ分子

79.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

G: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
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2

F: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

H: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.820, 85.330, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99993, 0.00497, -0.01108), (0.00825, 0.94748, -0.31971), (0.00891, -0.31978, -0.94745)	77.41255, 23.80472, 145.88155
2	given	(-0.99993, 0.00026, 0.01208), (-0.01208, -0.00192, -0.99993), (-0.00024, -1, 0.00192)	79.4353, 68.86843, 67.95043

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR / LASR 分子量: 19686.465 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 解説: PSEUDOMONAS GENETIC STOCK CENTER, GREENVILLE, NC, USA プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25084
#2: 化合物	ChemComp-OHN / N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソドデカノイル)-L-ホモセリンラクトン分子量: 297.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₇NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE N-TERMINAL GLY-ALA IS A REMNANT OF THE AFFINITY- PURIFICATION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	pH: 7.3 詳細: 20% W/V PEG 4000, 80 MM CALCIUM ACETATE, 40 MM HEPES PH 7.3, 5 MM DTT AND 50 MICROMOLAR N-3-OXO-DODECANOYL-HOMOSERINE LACTONE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 61495 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 6.189 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. OF THE EXPECTED 175 RESIDUE PER CHAIN, ALL RESIDUES WERE VISIBLE EXCEPT FOR A FEW (USUALLY LESS THAN 5) AT THE N- AND C-TERMINI.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	3112	5.1 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.211	58208	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 3.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5203	0	84	542	5829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.098	1.964	7443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	3.004	9076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.555	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.256	23.514	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.158	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.752	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.223	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.573	1.5	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.562	2	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.371	3	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.772	4.5	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.37	218
R_work	0.288	4226

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6333	-0.0364	-0.5987	0.6885	0.0411	2.2295	0.0313	0.3003	0.0306	-0.0116	-0.0138	0.0412	0.0185	-0.1787	-0.0174	-0.0579	0.0121	-0.0125	0.031	0.0181	-0.0722	24.5677	11.3854	77.1832
2	2.8929	-0.8822	-0.1782	1.835	0.0059	1.1792	0.0429	0.0793	0.0929	-0.08	-0.0501	-0.1799	0.0537	0.087	0.0071	-0.0702	0.0078	0.0022	-0.0808	-0.0208	-0.0482	54.476	26.315	34.8427
3	1.5801	0.023	-0.5489	0.6673	-0.2087	2.6264	-0.016	0.0652	-0.0672	-0.071	-0.0034	-0.0272	0.12	0.1493	0.0194	-0.0413	0.0336	-0.0112	0.0491	0.0051	-0.0551	51.8328	9.6142	69.2762
4	2.411	-0.8024	-0.3348	1.9066	0.5383	1.3223	-0.0395	-0.1324	-0.1453	0.0888	0.0211	0.2286	0.0256	-0.0949	0.0184	-0.0692	0.0003	0.0024	-0.0879	-0.0026	-0.0276	25.1192	32.4366	41.8901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	E	6 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	5 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	2 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	2 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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