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- PDB-2uv0: Structure of the P. aeruginosa LasR ligand-binding domain bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uv0
タイトルStructure of the P. aeruginosa LasR ligand-binding domain bound to its autoinducer
要素TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
キーワードTRANSCRIPTION / ACYL-HOMOSERINE LACTONE RECEPTOR / QUORUM SENSING / TRANSCRIPTION REGULATION / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of elastin catabolic process / quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / Transcriptional activator protein LasR
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bottomley, M.J. / Muraglia, E. / Bazzo, R. / Carfi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular Insights Into Quorum Sensing in the Human Pathogen Pseudomonas Aeruginosa from the Structure of the Virulence Regulator Lasr Bound to its Autoinducer.
著者: Bottomley, M.J. / Muraglia, E. / Bazzo, R. / Carfi, A.
履歴
登録2007年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
F: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
G: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
H: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9358
ポリマ－78,7464
非ポリマー1,1904
水9,764542
1
E: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
G: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9684
ポリマ－39,3732
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-5.1 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
2
F: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
H: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9684
ポリマ－39,3732
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.820, 85.330, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99993, 0.00497, -0.01108), (0.00825, 0.94748, -0.31971), (0.00891, -0.31978, -0.94745)77.41255, 23.80472, 145.88155
2given(-0.99993, 0.00026, 0.01208), (-0.01208, -0.00192, -0.99993), (-0.00024, -1, 0.00192)79.4353, 68.86843, 67.95043

-
要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN LASR / LASR


分子量: 19686.465 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1
解説: PSEUDOMONAS GENETIC STOCK CENTER, GREENVILLE, NC, USA
プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25084
#2: 化合物
ChemComp-OHN / N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE


分子量: 297.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE N-TERMINAL GLY-ALA IS A REMNANT OF THE AFFINITY- PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化pH: 7.3
詳細: 20% W/V PEG 4000, 80 MM CALCIUM ACETATE, 40 MM HEPES PH 7.3, 5 MM DTT AND 50 MICROMOLAR N-3-OXO-DODECANOYL-HOMOSERINE LACTONE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 61495 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 6.189 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. OF THE EXPECTED 175 RESIDUE PER CHAIN, ALL RESIDUES WERE VISIBLE EXCEPT FOR A FEW (USUALLY LESS THAN 5) AT THE N- AND C-TERMINI.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 3112 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 58208 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 3.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20.23 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5203 0 84 542 5829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.9647443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2823.0049076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5555676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25623.514259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15815890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7521536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.24109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22789
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.54103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56225302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37132501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7724.52131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.37 218
Rwork0.288 4226
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6333-0.0364-0.59870.68850.04112.22950.03130.30030.0306-0.0116-0.01380.04120.0185-0.1787-0.0174-0.05790.0121-0.01250.0310.0181-0.072224.567711.385477.1832
22.8929-0.8822-0.17821.8350.00591.17920.04290.07930.0929-0.08-0.0501-0.17990.05370.0870.0071-0.07020.00780.0022-0.0808-0.0208-0.048254.47626.31534.8427
31.58010.023-0.54890.6673-0.20872.6264-0.0160.0652-0.0672-0.071-0.0034-0.02720.120.14930.0194-0.04130.0336-0.01120.04910.0051-0.055151.83289.614269.2762
42.411-0.8024-0.33481.90660.53831.3223-0.0395-0.1324-0.14530.08880.02110.22860.0256-0.09490.0184-0.06920.00030.0024-0.0879-0.0026-0.027625.119232.436641.8901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E6 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2F5 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3G2 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4H2 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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