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- PDB-2uuq: Crystal structure of CYP130 from Mycobacterium tuberculosis in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uuq
タイトルCrystal structure of CYP130 from Mycobacterium tuberculosis in the ligand-free form
要素CYTOCHROME P450 130
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / IRON / HEME / MONOOXYGENASE / METAL-BINDING / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cell wall / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ISOPROPYL ALCOHOL / Cytochrome P450 130 / Cytochrome P450 130
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Mycobacterium Tuberculosis Cyp130:Crystal Mycobacterium Tuberculosis Cyp130: Crystal Structure, Biophysical Characterization, and Interactions with Antifungal Azole Drugs.
著者: Ouellet, H. / Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2007年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6946
ポリマ－45,8371
非ポリマー8575
水5,278293
1
A: CYTOCHROME P450 130
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,38712
ポリマ－91,6742
非ポリマー1,71410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-17.4 kcal/mol
Surface area38010 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)160.005, 53.854, 43.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 130 / CYP130


分子量: 45836.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q11062, UniProt: P9WPN5*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細6 HIS-TAG RESIDUES ARE ADDED AT THE N-TERMINUS. TWO RESIDUES A 406 SER AND A 407 ARG ARE INTRODUCED ...6 HIS-TAG RESIDUES ARE ADDED AT THE N-TERMINUS. TWO RESIDUES A 406 SER AND A 407 ARG ARE INTRODUCED AT THE C- TERMINUS AS A RESULT OF GENERATING XBAI RESTRICTION SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH=5.2, 2 % ISOPROPANOL

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.11587
シンクロトロンALS 8.3.120.97970, 0.96863
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC CCD1CCD2007年7月2日MIRRORS
ADSC CCD2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI (111) DOUBLE CRYSTALMADMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
20.97971
30.968631
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 64293 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.46→79.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.687 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 6225 10.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 55263 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å2-1.26 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→79.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3029 0 59 293 3381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.9984476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8525420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.46222.657143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09915489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1771531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9631.52065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41423289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9331330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9964.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 407 -
Rwork0.212 3670 -
obs--87.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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