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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uud | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the TEPC15-Vk45.1 anti-2-phenyl-5-oxazolone NQ10- 1.12 scFv in complex with the hapten | |||||||||
要素 | (NQ10-1.12 ANTI-PHOX ANTIBODY) x 3 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / SCFV / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / 2-PHENYL-5-OXAZOLONE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-PHX 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Scotti, C. / Gherardi, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structural Basis of Affinity Maturation of the Tepc15-Vkappa45.1 Anti-2-Phenyl-5-Oxazolone Antibodies 著者: Scotti, C. / Gherardi, E. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uud.cif.gz | 107.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uud.ent.gz | 83 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2uud_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2uud_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2uud_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2uud_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uud | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13410.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 解説: NQ10/1.12 ANTI-2-PHENYL-5-OXAZOLONE HYBRIDOMA / Cell: HYBRIDOMA / プラスミド: PPIC9KE / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 #2: 抗体 | 分子量: 12423.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 解説: NQ10/1.12 ANTI-2-PHENYL-5-OXAZOLONE HYBRIDOMA / Cell: HYBRIDOMA / プラスミド: PPIC9KE / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 #3: 抗体 | 分子量: 1283.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 解説: NQ10/1.12 ANTI-2-PHENYL-5-OXAZOLONE HYBRIDOMA / Cell: HYBRIDOMA / プラスミド: PPIC9KE / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % |
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結晶化 | pH: 7.6 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.6, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→65.64 Å / Num. obs: 11988 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 75.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FLR 解像度: 2.9→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 809326.5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: FOR REFINEMENT-REBUILDING, THE PROGRAM LAFIRE HAS BEEN USED, STARTING FROM THE 2CJV STRUCTURE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3383 Å2 / ksol: 0.336356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 11
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Xplor file |
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