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- PDB-2tun: CONFORMATIONAL CHANGES IN THE (ALA-84-VAL) MUTANT OF TUMOR NECROS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tun
タイトルCONFORMATIONAL CHANGES IN THE (ALA-84-VAL) MUTANT OF TUMOR NECROSIS FACTOR
要素TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
キーワードLYMPHOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of protein transport / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Saludjian, P. / Prange, T.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational Changes in the (Ala-84-Val) Mutant of Tumor Necrosis Factor
著者: Saludjian, P. / Prange, T. / Kahn, R. / Fourme, R. / Tavernier, J. / Van-Oostade, X. / Fiers, W. / Navaza, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1991
タイトル: Methodology Employed for the Structure Determination of Tumor Necrosis Factor, a Case of High Non-Crystallographic Symmetry
著者: Jones, E.Y. / Walker, N.P. / Stuart, D.I.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Structure of Tumor Necrosis Factor-Alpha at 2.6 Angstroms Resolution. Implications for Receptor Binding
著者: Eck, M.J. / Sprang, S.R.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Structure of Tumor Necrosis Factor
著者: Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Walker, N.P.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Structure of Tumor Necrosis Factor by X-Ray Solution Scattering and Preliminary Studies by Single Crystal X-Ray Diffraction
著者: Lewitt-Bentley, A. / Fourme, R. / Kahn, R. / Prange, T. / Vachette, P. / Tavernier, J. / Hauquier, G. / Fiers, W.
履歴
登録1993年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年6月19日Group: Other
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
B: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
C: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
D: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
E: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
F: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3816
ポリマ－104,3816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
E: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
F: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1903
ポリマ－52,1903
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
3
A: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
B: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA
C: TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1903
ポリマ－52,1903
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.000, 166.000, 93.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO B 8
2: THR C 7 - PRO C 8 OMEGA =210.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: THR D 7 - PRO D 8 OMEGA = 84.95 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質
TUMOR NECROSIS FACTOR-ALPHA


分子量: 17396.781 Da / 分子数: 6 / 変異: A84V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01375
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN DATA BANK ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY ...PROTEIN DATA BANK ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: TNFA_HUMAN SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASP 220 LEU 137

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
PROLSQ精密化
精密化解像度: 3.1→9 Å / σ(F): 3
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT (PROGRAM *AMORE*) STARTING FROM THE COORDINATES IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1TNF. ONLY FAINT ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESIDUES 1 - 6 ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT (PROGRAM *AMORE*) STARTING FROM THE COORDINATES IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1TNF. ONLY FAINT ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESIDUES 1 - 6 AT THE N-TERMINUS OF EACH CHAIN AND, THEREFORE, NO COORDINATES FOR THESE RESIDUES ARE PRESENT IN THIS ENTRY. ELECTRON DENSITY FOR THE LOOP 103 - 110 IS ALSO RATHER WEAK IN CHAINS A, B, D, AND F. SEVERE DISTORSIONS ARE ALSO OBSERVED IN THE SEGMENTS 7-9
Rfactor反射数
obs0.198 15325
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7086 0 0 0 7086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.070.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8072
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.213
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8372
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.3013
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0070.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.050.03
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.230.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.290.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.32
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.710
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor3110
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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