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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ts1 | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF TYROSYL-T/RNA SYNTHETASE REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION. INTERACTION OF THE ENZYME WITH THE TYROSYL ADENYLATE INTERMEDIATE | |||||||||
![]() | TYROSYL-TRNA SYNTHETASE | |||||||||
![]() | LIGASE (SYNTHETASE) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / regulation of protein complex stability / tRNA binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Brick, P. / Bhat, T.N. / Blow, D.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of tyrosyl-tRNA synthetase refined at 2.3 A resolution. Interaction of the enzyme with the tyrosyl adenylate intermediate. 著者: Brick, P. / Bhat, T.N. / Blow, D.M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Deletion Mutant of a Tyrosyl-T/RNA Synthetase Complexed with Tyrosine 著者: Brick, P. / Blow, D.M. #2: ![]() タイトル: Interaction of Crystalline Tyrosol-T/RNA Synthetase with Adenosine, Adenosine Monophosphate, Adenosine Triphosphate and Pyrophosphate in the Presence of Tyrosinol 著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M. / Brick, P. #3: ![]() タイトル: Tyrosyl-T/RNA Synthetase Forms a Mononucleotide-Binding Fold 著者: Bhat, T.N. / Blow, D.M. / Brick, P. / Nyborg, J. #4: ![]() タイトル: A Density-Modification Method for the Improvement of Poorly Resolved Protein Electron-Density Maps 著者: Bhat, T.N. / Blow, D.M. #5: ![]() タイトル: Binding of Tyrosine, Adenosine Triphosphate and Analogues to Crystalline Tyrosyl Transfer RNA Synthetase 著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M. #6: ![]() タイトル: Structure of Aminoacyl T/RNA Synthetases 著者: Blow, D.M. / Monteilhet, C. / Rubin, J.R. #7: ![]() タイトル: The Peptide Chain of Tyrosyl T/RNA Synthetase. No Evidence for a Super-Secondary Structure of Four Alpha-Helices 著者: Blow, D.M. / Irwin, M.J. / Nyborg, J. #8: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Irwin, M.J. / Nyborg, J. / Reid, B.R. / Blow, D.M. #9: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase from Bacillus Stearothermophilus 著者: Reid, B.R. / Koch, G.L.E. / Boulanger, Y. / Hartley, B.S. / Blow, D.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: MET 1 - SIDE CHAIN OMITTED. / 2: ASP 20 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 3: ARG 30 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 4: ARG 86 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 5: LYS 91 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 6: GLU 92 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 7: GLU 103 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 8: GLU 112 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 9: ILE 158 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 10: GLU 159 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 11: THR 160 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 12: ARG 214 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 13: LYS 230 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 14: LYS 233 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 15: GLU 235 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 16: SER 236 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 17: GLU 276 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 18: GLU 284 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 19: GLU 287 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 20: GLU 290 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 21: LYS 291 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 22: LYS 296 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 23: GLU 310 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 24: SER 319 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47364.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00952, tyrosine-tRNA ligase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 % |
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 24432 / Rmerge(I) obs: 0.226 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.3 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. reflection obs: 24432 / Rfactor obs: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |