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万見
- PDB-2tpk: AN INVESTIGATION OF THE STRUCTURE OF THE PSEUDOKNOT WITHIN THE GE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tpk
タイトルAN INVESTIGATION OF THE STRUCTURE OF THE PSEUDOKNOT WITHIN THE GENE 32 MESSENGER RNA OF BACTERIOPHAGE T2 USING HETERONUCLEAR NMR METHODS
要素RNA (MRNA PSEUDOKNOT)
キーワードRNA / PSEUDOKNOT / T2 / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIZATION PROTOCOLS
データ登録者Holland, J.A. / Hansen, M.R. / Du, Z. / Hoffman, D.W.
引用
ジャーナル: Rna / 年: 1999
タイトル: An examination of coaxial stacking of helical stems in a pseudoknot motif: the gene 32 messenger RNA pseudoknot of bacteriophage T2.
著者: Holland, J.A. / Hansen, M.R. / Du, Z. / Hoffman, D.W.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1997
タイトル: An NMR and Mutational Study of the Pseudoknot within the Gene 32 Mrna of Bacteriophage T2: Insights Into a Family of Structurally Related RNA Pseudoknots
著者: Du, Z. / Hoffman, D.W.
履歴
登録1998年10月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (MRNA PSEUDOKNOT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5101
ポリマ－11,5101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 19
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 RNA (MRNA PSEUDOKNOT)


分子量: 11509.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED FROM GENE 32 OF BACTERIOPHAGE T2.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQFCOSY
131TOCSY
141NOESY-TOCSY
151CT-HSQC
161(H)CCH-COSY
171NOESY-HMQC
181HMQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N-LABELED AND SELECTIVELY DEUTERATED T2 PSEUDOKNOT SAMPLE

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター製造業者: Varian / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
Felix構造決定
XPLOR3.1BRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIZATION PROTOCOLS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMNET DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 19 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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