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- PDB-2tod: ORNITHINE DECARBOXYLASE FROM TRYPANOSOMA BRUCEI K69A MUTANT IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tod
タイトルORNITHINE DECARBOXYLASE FROM TRYPANOSOMA BRUCEI K69A MUTANT IN COMPLEX WITH ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE
要素PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
キーワードLYASE / POLYAMINE METABOLISM / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE / ALPHA-BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine decarboxylase / putrescine biosynthetic process from arginine, via ornithine / ornithine decarboxylase activity / polyamine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Brooks, H.B. / Phillips, M.A. / Goldsmith, E.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: X-ray structure of ornithine decarboxylase from Trypanosoma brucei: the native structure and the structure in complex with alpha-difluoromethylornithine.
著者: Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Brooks, H.B. / Phillips, M.A. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録1999年5月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
B: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
C: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
D: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,73512
ポリマ－188,0174
非ポリマー1,7178
水15,655869
1
A: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
B: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8676
ポリマ－94,0092
非ポリマー8594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA, PQS
2
C: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
D: PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8676
ポリマ－94,0092
非ポリマー8594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.800, 154.500, 77.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99887, -0.00244, 0.04754), (0.00185, -0.99992, -0.01238), (0.04756, -0.01228, 0.99879)33.77943, 20.98611, -0.63235
2given(0.9989, -0.00262, -0.04671), (0.00338, 0.99986, 0.0161), (0.04666, -0.01624, 0.99878)-0.6761, 56.21986, 38.0341
3given(-0.99991, 0.00465, -0.01254), (-0.00462, -0.99999, -0.00265), (-0.01256, -0.00259, 0.99992)32.97342, 77.36642, 38.89211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ORNITHINE DECARBOXYLASE)


分子量: 47004.359 Da / 分子数: 4 / 変異: K69A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21/DG3 / 参照: UniProt: P07805, ornithine decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-DMO / ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE / α-(ジフルオロメチル)オルニチン


分子量: 182.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12F2N2O2
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化pH: 7
詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M SOLIUM ACETATE, 100MM HEPES PH 7.5, 20MG/ML PROTEIN DILUTED TWICE, 16C, pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Grishin, N.V., (1996) Proteins Struct. Funct. Genet., 24, 272.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG33501drop
20.1 MTris-HCl1drop
30.2 Mammonium acetate1drop
410 mMdithiothreitol1drop
520 mg/mlprotain1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 103282 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 339850
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7ODC

7odc


解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 -10 %
Rwork0.212 --
obs-101011 96.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11009 0 88 869 11966
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC, X-PLOR, CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.041

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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