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- PDB-2tmd: CORRELATION OF X-RAY DEDUCED AND EXPERIMENTAL AMINO ACID SEQUENCE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tmd
タイトルCORRELATION OF X-RAY DEDUCED AND EXPERIMENTAL AMINO ACID SEQUENCES OF TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
要素TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine dehydrogenase / trimethylamine dehydrogenase activity / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Trimethylamine dehydrogenase/Dimethylamine dehydrogenase, FMN-binding domain / : / OYE-like second alpha/beta domain / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Trimethylamine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mathews, F.S. / Lim, L.W. / White, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Correlation of x-ray deduced and experimental amino acid sequences of trimethylamine dehydrogenase.
著者: Barber, M.J. / Neame, P.J. / Lim, L.W. / White, S. / Matthews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Studies of Crystalline Trimethylamine Dehydrogenase in Three Oxidation States and in the Presence of Substrate and Inhibitor
著者: Bellamy, H.D. / Lim, L.W. / Mathews, F.S. / Dunham, W.R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Identification of Adp in the Iron-Sulfur Flavoprotein Trimethylamine Dehydrogenase
著者: Lim, L.W. / Mathews, F.S. / Steenkamp, D.J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Iron-Sulfur Flavoprotein Trimethylamine Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Lim, L.W. / Shamala, N. / Mathews, F.S. / Steenkamp, D.J. / Hamlin, R. / Xuong, N.H.
履歴
登録1993年10月15日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
B: TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6828
ポリマ－163,2122
非ポリマー2,4706
水10,467581
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area44710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.750, 71.950, 83.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: THR A 70 - HIS A 71 OMEGA = 17.29 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: THR B 70 - HIS B 71 OMEGA = 16.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.971338, 0.217797, 0.095224), (0.210859, 0.604543, 0.768158), (0.109736, 0.766219, -0.63314)
ベクター: 66.4754, -15.99959, 14.45649)
詳細THERE ARE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 TRIMETHYLAMINE DEHYDROGENASE


分子量: 81606.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
株: W3A1 / 参照: UniProt: P16099, EC: 1.5.99.7
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Lim, L. et al (1982). J. Mol. Biol., 162, 869-876., macro-seeding
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10-12 % / 一般名: PEG8000

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 133000 / Num. measured all: 430000 / Rmerge(I) obs: 0.032

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→10 Å / Rfactor Rwork: 0.154 / Rfactor obs: 0.154
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11482 0 132 581 12195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.281
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.154
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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