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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2tld | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGINEERED SUBTILISIN INHIBITOR COMPLEXED WITH BOVINE TRYPSIN | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / TRYPSIN) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / virion component / serine-type endopeptidase inhibitor activity / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mitsui, Y. / Takeuchi, Y. / Nonaka, T. / Nakamura, K.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Crystal structure of an engineered subtilisin inhibitor complexed with bovine trypsin. 著者: Takeuchi, Y. / Nonaka, T. / Nakamura, K.T. / Kojima, S. / Miura, K. / Mitsui, Y. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Refined Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Takeuchi, Y. / Satow, Y. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2tld.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2tld.ent.gz | 11.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2tld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2tld_validation.pdf.gz | 313 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2tld_full_validation.pdf.gz | 313 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2tld_validation.xml.gz | 862 B | 表示 | |
CIF形式データ | 2tld_validation.cif.gz | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/2tld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/2tld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: PRO I 37 IS A CIS PROLINE. | ||||||||
詳細 | SSI IS A DIMERIC MOLECULE (I2) CONSISTING OF TWO IDENTICAL SUBUNITS. IT BINDS TWO TRYPSIN MOLECULES (2E) TO FORM A DIMERIC COMPLEX E2I2. THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CORRESPONDS TO HALF THE COMPLEX MOLECULE (EI). IN THIS ENTRY COORDINATES FOR ALPHA-CARBON ATOMS ARE PROVIDED FOR ONE CHAIN OF TRYPSIN USING THE CHAIN IDENTIFIER *E* AND FOR ONE CHAIN OF MODIFIED SSI USING THE CHAIN IDENTIFIER *I*. COORDINATES FOR THE OTHER EI COMPLEX CAN BE GENERATED FROM THE COORDINATES IN THIS ENTRY USING THE FOLLOWING TRANSFORMATION: -1.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22903.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11135.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01006 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 7579 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 23106 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.6→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 6166 / Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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