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万見
- PDB-2tld: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGINEERED SUBTILISIN INHIBITOR COMPLEXED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tld
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGINEERED SUBTILISIN INHIBITOR COMPLEXED WITH BOVINE TRYPSIN
要素
  • STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)
  • TRYPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / TRYPSIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor, conserved site / Streptomyces subtilisin-type inhibitors signature. / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor, conserved site / Streptomyces subtilisin-type inhibitors signature. / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Subtilisin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mitsui, Y. / Takeuchi, Y. / Nonaka, T. / Nakamura, K.T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of an engineered subtilisin inhibitor complexed with bovine trypsin.
著者: Takeuchi, Y. / Nonaka, T. / Nakamura, K.T. / Kojima, S. / Miura, K. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Takeuchi, Y. / Satow, Y. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
履歴
登録1991年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0392
ポリマ－34,0392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.900, 116.800, 64.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: PRO I 37 IS A CIS PROLINE.
詳細SSI IS A DIMERIC MOLECULE (I2) CONSISTING OF TWO IDENTICAL SUBUNITS. IT BINDS TWO TRYPSIN MOLECULES (2E) TO FORM A DIMERIC COMPLEX E2I2. THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CORRESPONDS TO HALF THE COMPLEX MOLECULE (EI). IN THIS ENTRY COORDINATES FOR ALPHA-CARBON ATOMS ARE PROVIDED FOR ONE CHAIN OF TRYPSIN USING THE CHAIN IDENTIFIER *E* AND FOR ONE CHAIN OF MODIFIED SSI USING THE CHAIN IDENTIFIER *I*. COORDINATES FOR THE OTHER EI COMPLEX CAN BE GENERATED FROM THE COORDINATES IN THIS ENTRY USING THE FOLLOWING TRANSFORMATION: -1.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 0.0 0.0 1.0

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22903.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11135.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01006

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.05 MTris-HCl1drop
240 %sat1dropMgSO4
30.05 MTris-HCl1reservoir
480 %sat1reservoirMgSO4

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 7579 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 23106 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→8 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.173 -
obs-6166
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数330 0 0 0 330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 6166 / Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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