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万見
- PDB-2rvo: Solution structure of a reverse transcriptase recognition site of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rvo
タイトルSolution structure of a reverse transcriptase recognition site of a LINE RNA from zebrafish
要素RNA (34-MER)
キーワードRNA / LINE / retrotransposon
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Otsu, M. / Norose, N. / Arai, N. / Terao, R. / Kajikawa, M. / Okada, N. / Kawai, G.
引用ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Solution structure of a reverse transcriptase recognition site of a LINE RNA from zebrafish.
著者: Otsu, M. / Kajikawa, M. / Okada, N. / Kawai, G.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8601
ポリマ－10,8601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10859.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
解説: RNA was prepared by in vitro transcription with the T7 RNA polymerase
発現宿主: cell-free synthesis (未定義)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-13C HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1522D 1H-13C HSQC
1612D 1H-13C TROSY
1712D 1H-13C TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM RNA (34-MER)-1, 0.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (34-MER)-2, 100% D2O100% D2O
20.18 mM [U-13C; U-15N]-Ade RNA (34-MER)-3, 0.19 mM [U-13C; U-15N]-Gua RNA (34-MER)-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMRNA (34-MER)-11
0.26 mMRNA (34-MER)-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.18 mMRNA (34-MER)-3[U-13C; U-15N]-Ade2
0.19 mMRNA (34-MER)-4[U-13C; U-15N]-Gua2
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CNSSOLVE1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVE1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.114Goddardpeak picking
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregrid search
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 22 / NA beta-angle constraints total count: 22 / NA chi-angle constraints total count: 24 / NA delta-angle constraints total count: 32 / NA epsilon-angle constraints total count: 22 / NA gamma-angle constraints total count: 22 / NA other-angle constraints total count: 22 / NA sugar pucker constraints total count: 128 / NOE constraints total: 358 / NOE intraresidue total count: 74 / NOE long range total count: 11 / NOE medium range total count: 12 / NOE sequential total count: 135 / Hydrogen bond constraints total count: 32
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 30 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.088 Å / Distance rms dev error: 0.0011 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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