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万見
- PDB-2rvf: Solution NMR structure of Monosiga brevicollis CRK/CRKL homolog (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rvf
タイトルSolution NMR structure of Monosiga brevicollis CRK/CRKL homolog (crka1) SH2 domain
要素Predicted protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / signal transduction / phosphotyrosine-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


enzyme-linked receptor protein signaling pathway / signaling adaptor activity / receptor tyrosine kinase binding / cell migration / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailsminimized average structure, model1 and lowest energy, model2-21
Model type detailsminimized average
データ登録者Kasai, T. / Pawlak, J. / Imamoto, A. / Kigawa, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A pre-metazoan origin of the CRK gene family and co-opted signaling network
著者: Shigeno-Nakazawa, Y. / Kasai, T. / Ki, S. / Kostyanovskaya, E. / Pawlak, J. / Yamagishi, J. / Okimoto, N. / Taiji, M. / Okada, M. / Westbrook, J. / Satta, Y. / Kigawa, T. / Imamoto, A.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4831
ポリマ－11,4831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Predicted protein


分子量: 11482.659 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
遺伝子: 25438, crka1 / 発現宿主: cell-free protein synthesis (unknown) / 参照: UniProt: A9UZF4*PLUS
配列の詳細ADDITIONAL N-TERMINAL GSSGSSG ARE CLONING ARTIFACTS. PREDICTED PROTEIN IS RESIDUES 1-97. THE ...ADDITIONAL N-TERMINAL GSSGSSG ARE CLONING ARTIFACTS. PREDICTED PROTEIN IS RESIDUES 1-97. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THIS PROTEIN HAS THE SEQUENCE, WHICH IS ASSIGNED TO THE GENEBANK ID KT795324.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HBHA(CO)NH
11013D C(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-COSY
11312D (HB)CB(CGCD)HD
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: THE FIRST MODEL 1 IS THE ENERGY-MINIMIZED MEAN STRUCTURE CALCULATED FROM THE OTHER 20 STRUCTURES.

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試料調製

詳細内容: 1.1 mM [U-13C; U-15N] crka1 SH2 domain-1, 20 mM [U-2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.02 % sodium azide-4, 1 mM [U-2H] DTT-5, 10 % [U-2H] D2O-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMcrka1 SH2 domain-1[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS-2[U-2H]1
100 mMsodium chloride-31
0.02 %sodium azide-41
1 mMDTT-5[U-2H]1
10 %D2O-6[U-2H]1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
NMRPipe20110801Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.2.2_01Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.9843Kobayashi, Iwahara, Koshiba, Tomizawa, Tochio, G ntert, Kigawa, Yokoyamaデータ解析
KUJIRA0.9843Kobayashi, Iwahara, Koshiba, Tomizawa, Tochio, G ntert, Kigawa, Yokoyamachemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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