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万見
- PDB-2rv8: Solution Structure of the PhoP DNA-Binding Domain from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rv8
タイトルSolution Structure of the PhoP DNA-Binding Domain from Mycobacterium tuberculosis
要素DNA-binding response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PhoPC / heteronuclear NOE / MTB
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis CAS/NITR204 (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Macdonald, R. / Sarkar, D. / Amer, B.R. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the PhoP DNA-binding domain from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Macdonald, R. / Sarkar, D. / Amer, B.R. / Clubb, R.T.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7241
ポリマ－14,7241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator


分子量: 14723.726 Da / 分子数: 1
断片: PhoPC (PhoP C-terminal domain), UNP residues 141-247
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CAS/NITR204 (結核菌)
遺伝子: J113_05350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4MFJ2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D HNHA
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D HNCA
11223D 1H-13C NOESY aliphatic
11323D 1H-13C NOESY aromatic
11423D (H)CCH-TOCSY
11513D C(CO)NH
11623D (H)CCH-COSY
11713D HN(CA)CO
11813D 1H-13C NOESY aliphatic
11913D HBHANH
12023D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150.0 mM sodium phosphate-1, 300.0 mM sodium chloride-2, 0.01 % sodium azide-3, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PhoPC-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
250.0 mM sodium phosphate-5, 300.0 mM sodium chloride-6, 0.01 % sodium azide-7, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PhoPC-8, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50.0 mMsodium phosphate-11
300.0 mMsodium chloride-21
0.01 %sodium azide-31
1.0 mMPhoPC-4[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50.0 mMsodium phosphate-52
300.0 mMsodium chloride-62
0.01 %sodium azide-72
1.0 mMPhoPC-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 350 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle calculation
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur統計
UNIOHerrmannデータ解析
UNIOHerrmannpeak picking
UNIOHerrmann構造決定
ATNOS-CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichデータ解析
ATNOS-CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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