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万見
- PDB-2ru7: Refined structure of RNA aptamer in complex with the partial bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ru7
タイトルRefined structure of RNA aptamer in complex with the partial binding peptide of prion protein
要素
  • P16 peptide from Major prion protein
  • RNA_(5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
キーワードMembrane Protein/RNA / Aptamer / Prion / RNA / Alzheimer's disease / Membrane protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / G-quadruplex RNA binding / copper ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / energy minimization, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Hayashi, T. / Oshima, H. / Mashima, T. / Nagata, T. / Katahira, M. / Kinoshita, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein: crucial importance of water entropy in molecular recognition.
著者: Hayashi, T. / Oshima, H. / Mashima, T. / Nagata, T. / Katahira, M. / Kinoshita, M.
履歴
登録2013年12月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA_(5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
B: RNA_(5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
C: P16 peptide from Major prion protein
D: P16 peptide from Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8424
ポリマ－10,8424
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA_(5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4033.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド P16 peptide from Major prion protein / PrP / Major scrapie-associated fibril protein 1


分子量: 1387.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10279

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H NOESY
2422D 1H-1H NOESY
2512D 1H-1H TOCSY
2622D 1H-1H TOCSY
2722D DQF-COSY
2822D 1H-13C HSQC
291JRHMBC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')-1, 1 mM P16-2, 10 mM potassium phosphate-3, 10 mM potassium chloride-4, 0.01 mM DSS-5, 3 mM sodium azide-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')-7, 1 mM P16-8, 10 mM potassium phosphate-9, 10 mM potassium chloride-10, 0.01 mM DSS-11, 3 mM sodium azide-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMRNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')-11
1 mMP16-21
10 mMpotassium phosphate-31
10 mMpotassium chloride-41
0.01 mMDSS-51
3 mMsodium azide-61
1 mMRNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')-72
1 mMP16-82
10 mMpotassium phosphate-92
10 mMpotassium chloride-102
0.01 mMDSS-112
3 mMsodium azide-122
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.2ambient atm278 K
2106.2ambient atm303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Amber12Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: energy minimization, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 5 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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