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万見
- PDB-2ru4: Designed Armadillo Repeat Protein Self-ASsembled Complex (YIIM2-MAII) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ru4
タイトルDesigned Armadillo Repeat Protein Self-ASsembled Complex (YIIM2-MAII)
要素
  • Armadillo Repeat Protein, C-terminal fragment, MAII
  • Armadillo Repeat Protein, N-terminal fragment, YIIM2
キーワードDE NOVO PROTEIN / solenoid repeat / Armadillo repeat motif / self-assembly / solution complex
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Zerbe, O. / Christen, M.T. / Plueckthun, A. / Watson, R.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Spontaneous self-assembly of engineered armadillo repeat protein fragments into a folded structure
著者: Watson, R.P. / Christen, M.T. / Ewald, C. / Bumbak, F. / Reichen, C. / Mihajlovic, M. / Schmidt, E. / Guntert, P. / Caflisch, A. / Pluckthun, A. / Zerbe, O.
履歴
登録2013年11月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Armadillo Repeat Protein, N-terminal fragment, YIIM2
B: Armadillo Repeat Protein, C-terminal fragment, MAII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2982
ポリマ－21,2982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Armadillo Repeat Protein, N-terminal fragment, YIIM2


分子量: 12193.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
#2: タンパク質 Armadillo Repeat Protein, C-terminal fragment, MAII


分子量: 9104.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the complex formed in solution by a split Armadillo repeat protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D C(CO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11312D 1H-15N HSQC
11412D 1H-13C HSQC aliphatic
11514D (H)CCH-TOCSY
11622D 1H-15N HSQC
11722D 1H-13C HSQC aliphatic
11823D 1H-15N NOESY
11923D 1H-13C NOESY aliphatic
12013D-13C edited/filtered NOESY
12123D-13C-edited/filtered NOESY
12223D-15N-edited/filtered NOESY
12323D CBCA(CO)NH
12423D HN(CA)CB
12523D HNCO
NMR実験の詳細Text: CHAINS A AND B ARE NOT COVALENTLY LINKED.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-13C; U-15N] YM2-1, 1.5 mM MA-2, 150 mM sodium phosphate-3, 150 mM sodium chloride-4, 2 % glycerol-5, 1 mM TMSP-6, 0.02 % sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75 mM [U-13C; U-15N] MA-8, 0.90 mM YM2-9, 150 mM sodium phosphate-10, 150 mM sodium chloride-11, 2 % glycerol-12, 1 mM TMSP-13, 0.02 % sodium azide-14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMYM2-1[U-13C; U-15N]1
1.5 mMMA-21
150 mMsodium phosphate-31
150 mMsodium chloride-41
2 %glycerol-51
1 mMTMSP-61
0.02 %sodium azide-71
0.75 mMMA-8[U-13C; U-15N]2
0.90 mMYM2-92
150 mMsodium phosphate-102
150 mMsodium chloride-112
2 %glycerol-122
1 mMTMSP-132
0.02 %sodium azide-142
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian DirectDriveVarianDirect Drive7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNMR2.3.1CCPNpeak picking
CcpNMR2.3.1CCPNchemical shift assignment
CcpNMR2.3.1CCPNデータ解析
UNIO2.0.2(UNIO) Herrmannデータ解析
UNIO2.0.2(UNIO) Herrmannpeak picking
UNIO2.0.2(UNIO) Herrmann構造決定
CYANA3.96aGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3.96aGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOS-N4.01Shen and Baxデータ解析
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculation in vacuo, Refinement in explicit TIP3P water
NMR constraintsNOE constraints total: 1958 / NOE intraresidue total count: 531 / NOE long range total count: 404 / NOE medium range total count: 498 / NOE sequential total count: 525 / Protein phi angle constraints total count: 138 / Protein psi angle constraints total count: 141
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.06 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 3.67 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.466 Å / 代表コンフォーマー: 1 / Torsion angle constraint violation method: PDBSTAT
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0323 Å / Distance rms dev error: 0.0011 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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