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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rtr | ||||||
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タイトル | STREPTAVIDIN-2-IMINOBIOTIN COMPLEX, PH 4.0, SPACE GROUP I222 | ||||||
要素 | STREPTAVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN / STREPTAVIDIN-2-IMINOBIOTIN / PH 4.0 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Binding of biotin to streptavidin stabilizes intersubunit salt bridges between Asp61 and His87 at low pH. 著者: Katz, B.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: In Crystals of Complexes of Streptavidin with Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence the Pka of the Peptide Histidine is Less Than 3.0 著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Structure-Based Design Tools: Structural and Thermodynamic Comparison with Biotin of a Small Molecule that Binds Streptavidin with Micromolar Affinity 著者: Katz, B.A. / Liu, B. / Cass, R.T. #3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Preparation of a Protein-Dimerizing Ligand by Topochemistry and Structure-Based Design 著者: Katz, B.A. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Topochemical Catalysis Achieved by Structure-Based Ligand Design 著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. / Liu, B. / Arze, R. / Collins, N. #5: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1995 タイトル: Topochemistry for Preparing Ligands that Dimerize Receptors 著者: Katz, B.A. / Stroud, R.M. / Collins, N. / Liu, B. / Arze, R. #6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Binding to Protein Targets of Peptidic Leads Discovered by Phage Display: Crystal Structures of Streptavidin-Bound Linear and Cyclic Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence 著者: Katz, B.A. #7: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995 タイトル: Structure-Based Design of High Affinity Streptavidin Binding Cyclic Peptide Ligands Containing Thioether Cross-Links 著者: Katz, B.A. / Johnson, C.R. / Cass, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rtr.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rtr.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rtr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/2rtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/2rtr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2izaC 2izbC 2izcC 2izdC 2izeC 2izfC 2izgC 2izhC 2iziC 2izjC 2izkC 2izlC 2rtaC 2rtbC 2rtcC 2rtdC 2rteC 2rtfC 2rtgC 2rthC 2rtiC 2rtjC 2rtkC 2rtlC 2rtmC 2rtnC 2rtoC 2rtpC 2rtqC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99982, -0.01814, -0.005621), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14181.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.7 % 解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * () + 0.10*I(H)I], WHERE I(H)I IS THE ITH OBSERVATION OF THE INTENSITY OF REFLECTION H (M.G.ROSSMANN, A.G.W.LESLIE, S.S.ABDEL-MEGUID, T.TSUKIHARA, J. ...解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * ( | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 詳細: ROOM TEMPERATURE, PH 4.00. SYNTHETIC MOTHER LIQUOR OF 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 25% 1.0 M POTASSIUM ACETATE ADJUSTED TO PH 4.0. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pahler, A., (1987) J. Biol. Chem., 262, 13933. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 28469 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / % possible all: 62.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.62 Å / Num. measured all: 78987 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.62→7.5 Å / σ(F): 1.5 詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA B 13 GLU B 14 ALA B 15 (EXCEPT C AND O) GLU B 51 (CG, CD, OE1, OE2) ARG B 53 (NE, CZ, NH1, NH2) ASP B 67 GLY B 68 (N, CA) ...詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA B 13 GLU B 14 ALA B 15 (EXCEPT C AND O) GLU B 51 (CG, CD, OE1, OE2) ARG B 53 (NE, CZ, NH1, NH2) ASP B 67 GLY B 68 (N, CA) ARG B 84 (NE, CZ, NH1, NH2) ARG B 103 (NE, CZ, NH1, NH2) GLU B 116 (CG, CD, OE1, OE2) PRO B 135 ALA D 13 GLU D 14 ALA D 15 ASP D 36 (CG, OD1, OD2) ARG D 53 (NE, CZ, NH1, NH2) ASN D 82 (CG, OD1, ND2) ARG D 84 (NE, CZ, NH1, NH2) GLU D 101 (CG, CD, OE1, OE2) ARG D 103 (NE, CZ, NH1, NH2) GLU D 116 (CG, CD, OE1, OE2)
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→7.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.69 Å / % reflection obs: 62.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.189 |