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- PDB-2rtk: STREPTAVIDIN-GLYCOLURIL COMPLEX, PH 2.58, SPACE GROUP I4122 PREPA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rtk
タイトルSTREPTAVIDIN-GLYCOLURIL COMPLEX, PH 2.58, SPACE GROUP I4122 PREPARED FROM AN APOSTREPTAVIDIN CRYSTAL
要素STREPTAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / STREPTAVIDIN-SMALL MOLECULE LIGAND / DESIGNED SMALL MOLECULE LIGAND WITH MICROMOLAR AFFINITY
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GLYCOLURIL / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Katz, B.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Binding of biotin to streptavidin stabilizes intersubunit salt bridges between Asp61 and His87 at low pH.
著者: Katz, B.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: In Crystals of Complexes of Streptavidin with Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence the Pka of the Peptide Histidine is Less Than 3.0
著者: Katz, B.A. / Cass, R.T.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: Structure-Based Design Tools: Structural and Thermodynamic Comparison with Biotin of a Small Molecule that Binds Streptavidin with Micromolar Affinity
著者: Katz, B.A. / Liu, B. / Cass, R.T.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: Preparation of a Protein-Dimerizing Ligand by Topochemistry and Structure-Based Design
著者: Katz, B.A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Topochemical Catalysis Achieved by Structure-Based Ligand Design
著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. / Liu, B. / Arze, R. / Collins, N.
#5: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1995
タイトル: Topochemistry for Preparing Ligands that Dimerize Receptors
著者: Katz, B.A. / Stroud, R.M. / Collins, N. / Liu, B. / Arze, R.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Binding to Protein Targets of Peptidic Leads Discovered by Phage Display: Crystal Structures of Streptavidin-Bound Linear and Cyclic Peptide Ligands Containing the Hpq Sequence
著者: Katz, B.A.
#7: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995
タイトル: Structure-Based Design of High Affinity Streptavidin Binding Cyclic Peptide Ligands Containing Thioether Cross-Links
著者: Katz, B.A. / Johnson, C.R. / Cass, R.T.
履歴
登録1997年9月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02024年2月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4794
ポリマ－14,1811
非ポリマー2973
水1,69394
1
A: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,91416
ポリマ－56,7254
非ポリマー1,18912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area12460 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.200, 58.200, 176.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-546-

HOH

31A-558-

HOH

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要素

#1: タンパク質 STREPTAVIDIN


分子量: 14181.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GLL / GLYCOLURIL / (3aβ,6aβ)-オクタヒドロイミダゾ[4,5-d]イミダゾ-ル-2,5-ジオン


分子量: 142.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * () + 0.10*I(H)I], WHERE I(H)I IS THE ITH OBSERVATION OF THE INTENSITY OF REFLECTION H (M.G.ROSSMANN, A.G.W.LESLIE, S.S.ABDEL-MEGUID, T.TSUKIHARA, J. ...解説: REJECTION CRITERIA: (I(H)I - ) > [0.30 * () + 0.10*I(H)I], WHERE I(H)I IS THE ITH OBSERVATION OF THE INTENSITY OF REFLECTION H (M.G.ROSSMANN, A.G.W.LESLIE, S.S.ABDEL-MEGUID, T.TSUKIHARA, J.APPL.CRYST. 12, 570 - 581). THIS REJECTION CRITERION IS THE DEFAULT OF THE MSC PROGRAM BIOTEX.
結晶化pH: 1.9
詳細: SYNTHETIC MOTHER LIQUOR OF 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 25% 1.0 M SODIUM FORMATE ADJUSTED TO PH 1.90.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pahler, A., (1987) J. Biol. Chem., 262, 13933.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium acetate1drop
3200 mM1dropNaCl
430 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 13194 / % possible obs: 60 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 1.82→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / % possible all: 33.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.38 Å / Num. measured all: 31257

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
bioteX(MSC)データ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.82→7.5 Å / σ(F): 2.5
詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA 13, GLU 14, ALA 15 (EXCEPT C AND O), GLY 26 (SIDE CHAIN) ASP 36 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, C, O, CG, OD1, OD2) GLU 44 ...詳細: THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA 13, GLU 14, ALA 15 (EXCEPT C AND O), GLY 26 (SIDE CHAIN) ASP 36 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, C, O, CG, OD1, OD2) GLU 44 (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2), ALA 46, VAL 47, GLY 48, ASN 49, ALA 50 GLU 51, SER 52 (SIDE CHAIN OF SER52), ARG 53 (NE, HE, CZ, NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) ARG 84 (CG, HG1, HG2, CD, HD1, HD2, NE, HE, CZ, NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) GLY 99, ALA 100, GLU 101 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, C, O, CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2) ARG 103 (NE, HE, CZ, NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) GLU 116 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, CG, HG1, HG2, C, O CD, OE1, OE2), ALA 117, ASN 118 (SIDE CHAIN) LYS 121 (CG, HG1, HG2, CD, HD1, HD2, CE, HE1, HE2, NZ, HZ1, HZ2, HZ3) LYS 134 (CB, HB1, HB2, CD, HD1, HD2, CE, HE1, HE2, NZ, HZ1, HZ2, HZ3), PRO 135 DISCRETELY DISORDERED ENTIRE RESIDUES WHOSE OCCUPANCIES AND STRUCTURES WERE SIMULTANEOUSLY REFINED ARE: 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69. DISCRETELY DISORDERED SIDE CHAINS WHOSE OCCUPANCIES AND STRUCTURES WERE SIMULTANEOUSLY REFINED ARE: PHE 29, LEU 73, HIS 87, GLN 107, LEU 110, LYS 132. RESIDUES 60-69 WERE REFINED IN 2 CONFORMATIONS BECAUSE UPON PROTONATION OF ASP 61 AT LOW PH, ASP 61 UNDERGOES A LARGE SHIFT IN CONFORMATION AND CHANGE IN HYDROGEN BONDING. THE LOOP COMPRISING RESIDUES 61-69 ALSO UNDERGO CORRESPONDING CONFORMATIONAL CHANGES. HOWEVER SOME OF THESE RESIDUES ARE DISORDERED AND NOT VISIBLE IN EITHER CONFORMATION. DISORDERED WATERS ARE: HOH 136 WHICH OCCUPIES THE SPACE AVAILABLE WHEN ASP 61 IS IN CONFORMATION 2 HOH 207 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF HOH 354 HOH 228 WHICH IS CLOSE TO HOH 229 AND HOH 230 HOH 305 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF ITSELF HOH 546 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF ITSELF HOH 558 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF ITSELF HOH 559 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF ITSELF HOH 624 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY RELATED EQUIVALENT OF ITSELF THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: ALA 13 GLU 14 ALA 15 (EXCEPT C AND O) GLY 26 (SIDE CHAIN) ASP 36 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, C, O, CG, OD1, OD2) GLU 44 (CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2) ALA 46 VAL 47 GLY 48 ASN 49 ALA 50 GLU 51 SER 52 (SIDE CHAIN OF SER52) ARG 53 (NE, HE, CZ, NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) ARG 84 (CG, HG1, HG2, CD, HD1, HD2, NE, HE, CZ, NH1, ARG 84 HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) GLY 99 ALA 100 GLU 101 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, C, O, CG, HG1, HG2, CD, OE1, OE2) ARG 103 (NE, HE, CZ, NH1, HH11, HH12, NH2, HH21, HH22) GLU 116 (N, HN, CA, HA, CB, HB1, HB2, CG, HG1, HG2, C, O CD, OE1, OE2) ALA 117 ASN 118 (SIDE CHAIN) LYS 121 (CG, HG1, HG2, CD, HD1, HD2, CE, HE1, HE2, NZ, HZ1, HZ2, HZ3) LYS 134 (CB, HB1, HB2, CD, HD1, HD2, CE, HE1, HE2, NZ, HZ1, HZ2, HZ3) PRO 135 RESIDUES 60-69 WERE REFINED IN 2 CONFORMATIONS BECAUSE UPON PROTONATION OF ASP 61 AT LOW PH, ASP 61 UNDERGOES A LARGE SHIFT IN CONFORMATION AND CHANGE IN HYDROGEN BONDING. THE LOOP COMPRISING RESIDUES 61-69 ALSO UNDERGO CORRESPONDING CONFORMATIONAL CHANGES. HOWEVER SOME OF THESE RESIDUES ARE DISORDERED AND NOT VISIBLE IN EITHER CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 --
Rwork0.196 --
obs0.196 8280 60 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 19 94 1031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.92 Å / % reflection obs: 33.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rfactor obs: 0.196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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