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万見
- PDB-2rsq: Copper(I) loaded form of the first domain of the human copper cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsq
タイトルCopper(I) loaded form of the first domain of the human copper chaperone for SOD1, CCS
要素Copper chaperone for superoxide dismutase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper chaperone / human CCS / human SOD1
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase copper chaperone activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / removal of superoxide radicals / protein maturation / cellular response to oxidative stress / cadherin binding / copper ion binding / mitochondrion / nucleus ...superoxide dismutase copper chaperone activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / removal of superoxide radicals / protein maturation / cellular response to oxidative stress / cadherin binding / copper ion binding / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily ...Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper chaperone for superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Kozyreva, T. / Rubino, J.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Copper(I) loaded form of the first domain of the human copper chaperone for SOD1, CCS
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Kozyreva, T. / Rubino, J.T.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4362
ポリマ－9,3731
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Copper chaperone for superoxide dismutase / Superoxide dismutase copper chaperone / D1CCS


分子量: 9372.544 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14618
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2222D 1H-13C HSQC
3332D 1H-1H NOESY
2423D CBCA(CO)NH
2523D HNCO
2623D HNCA
2723D HN(CA)CB
2823D HN(CO)CA
1913D 1H-15N NOESY
21023D 1H-13C NOESY aliphatic
21123D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 15N] D1CCS-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D1CCS-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM D1CCS-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMD1CCS-1[U-99% 15N]1
0.5 mMD1CCS-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.5 mMD1CCS-33
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.1 M NaPi, 0.1M NaCl 6ambient 298 K
20.1 NaPi, 0.1 NaCl 6298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
XEASYBartels et al.データ解析
CARAKeller, R. and W thrich, K.chemical shift assignment
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollman精密化
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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