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- PDB-2rso: Solution structure of the chromodomain of Swi6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rso
タイトルSolution structure of the chromodomain of Swi6
要素Chromatin-associated protein swi6
キーワードTRANSCRIPTION / chromodomain / chromatin / Silencing / Chromosomal protein / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic centromeric cohesion protection in anaphase I / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of pericentric heterochromatin formation / gene conversion at mating-type locus / mating type switching / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mating-type region heterochromatin / heterochromatin island ...meiotic centromeric cohesion protection in anaphase I / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of pericentric heterochromatin formation / gene conversion at mating-type locus / mating type switching / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mating-type region heterochromatin / heterochromatin island / heterochromatin boundary formation / mitotic sister chromatid biorientation / chromosome, subtelomeric region / chromatin-protein adaptor activity / condensed chromosome, centromeric region / silent mating-type cassette heterochromatin formation / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / chromatin organization / histone binding / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin-associated protein swi6
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Shimojo, H. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Intrinsic nucleic Acid-binding activity of chp1 chromodomain is required for heterochromatic gene silencing
著者: Ishida, M. / Shimojo, H. / Hayashi, A. / Kawaguchi, R. / Ohtani, Y. / Uegaki, K. / Nishimura, Y. / Nakayama, J.
履歴
登録2012年4月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin-associated protein swi6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5031
ポリマ－10,5031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromatin-associated protein swi6


分子量: 10503.325 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: swi6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40381

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D C(CO)NH
1813D HBHA(CO)NH
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D (H)CCH-COSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY aliphatic
11413D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.3-0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Swi6-CD-1, 10mM potassium chloride-2, 20mM sodium phosphate-3, 5mM [U-100% 2H] DTT-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMSwi6-CD-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.3-0.51
10 mMpotassium chloride-21
20 mMsodium phosphate-31
5 mMDTT-4[U-100% 2H]1
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakipeak picking
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakiデータ解析
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakichemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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