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- PDB-2rsn: Solution structure of the chromodomain of Chp1 in complex with H3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsn
タイトルSolution structure of the chromodomain of Chp1 in complex with H3K9me3 peptide
要素
  • Chromo domain-containing protein 1
  • peptide from Histone H3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / chromodomain / protein-peptide complex / RNA-mediated gene silencing / Chromosomal protein / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / heterochromatin island / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes ...RITS complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / heterochromatin island / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / condensed chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin formation / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / intracellular copper ion homeostasis / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / CENP-A containing nucleosome / : / aerobic respiration / histone reader activity / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / chromatin organization / single-stranded RNA binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Chromo domain-containing protein 1-like, PIN domain / Chromo domain-containing protein 1-like, SPOC domain / Chp1 domain II / : / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. ...: / : / : / : / Chromo domain-containing protein 1-like, PIN domain / Chromo domain-containing protein 1-like, SPOC domain / Chp1 domain II / : / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Chromo domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Shimojo, H. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Intrinsic nucleic Acid-binding activity of chp1 chromodomain is required for heterochromatic gene silencing
著者: Ishida, M. / Shimojo, H. / Hayashi, A. / Kawaguchi, R. / Ohtani, Y. / Uegaki, K. / Nishimura, Y. / Nakayama, J.
履歴
登録2012年4月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromo domain-containing protein 1
B: peptide from Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9352
ポリマ－10,9352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromo domain-containing protein 1


分子量: 8909.912 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromo domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: chp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10103
#2: タンパク質・ペプチド peptide from Histone H3


分子量: 2025.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P61830*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D HN(CA)CO
1913D CBCA(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-COSY
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY aliphatic
11513D 1H-13C NOESY aromatic
11613D 13C/15N filtered NOESY
11712D 13C/15N fllterd NOESY
11812D 13C/15N filterd TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.3-0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Chp1_chromodomain-1, 0.3-0.5mM Histone_H3K9me3-2, 20mM potassium phosphate-3, 10mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMChp1_chromodomain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.3-0.51
mMHistone_H3K9me3-20.3-0.51
20 mMpotassium phosphate-31
10 mMsodium chloride-41
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakichemical shift assignment
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakiデータ解析
OliviaYokochi, Sekiguchi and Inagakipeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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