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- PDB-2rsg: Solution structure of the CERT PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsg
タイトルSolution structure of the CERT PH domain
要素Collagen type IV alpha-3-binding protein
キーワードLIPID TRANSPORT / pleckstrin homology
機能・相同性
機能・相同性情報


intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / ceramide metabolic process / Sphingolipid de novo biosynthesis ...intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / ceramide metabolic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / endoplasmic reticulum organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lipid homeostasis / heart morphogenesis / response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrion organization / muscle contraction / cell morphogenesis / kinase activity / in utero embryonic development / cell population proliferation / immune response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
STARD11, START domain / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START-like domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...STARD11, START domain / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START-like domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceramide transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Sugiki, T. / Takeuchi, K. / Tokunaga, Y. / Kumagai, K. / Kawano, M. / Nishijima, M. / Hanada, K. / Takahashi, H. / Shimada, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the Golgi association by the pleckstrin homology domain of the ceramide trafficking protein (CERT)
著者: Sugiki, T. / Takeuchi, K. / Yamaji, T. / Takano, T. / Tokunaga, Y. / Kumagai, K. / Hanada, K. / Takahashi, H. / Shimada, I.
履歴
登録2012年2月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen type IV alpha-3-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1801
ポリマ－11,1801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Collagen type IV alpha-3-binding protein / Ceramide transfer protein / hCERT / Goodpasture antigen-binding protein / GPBP / START domain- ...Ceramide transfer protein / hCERT / Goodpasture antigen-binding protein / GPBP / START domain-containing protein 11 / StARD11 / StAR-related lipid transfer protein 11


分子量: 11180.384 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL4A3BP, CERT, STARD11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5P4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HN(CO)CA
1613D 1H-15N NOESY
1724D 13C 15N NOESY
1823D (H)CCH-TOCSY
1922D 1H-13C HSQC
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-98% 15N] CERT-1, 10 mM HEPES-2, 100 mM sodium chloride-3, 5 mM DTT-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CERT-5, 10 mM HEPES-6, 100 mM sodium chloride-7, 5 mM DTT-8, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMCERT-1[U-98% 15N]1
10 mMHEPES-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMDTT-41
0.2 mMCERT-5[U-98% 13C; U-98% 15N]2
10 mMHEPES-62
100 mMsodium chloride-72
5 mMDTT-82
試料状態pH: 7.20 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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