+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rru | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of the UBA omain of p62 and its interaction with ubiquitin | ||||||
要素 | Sequestosome-1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / UBIQUITIN / UBA DOMAIN / P62/SQSTM1 / Autophagy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Lewy body / NF-kB is activated and signals survival / response to mitochondrial depolarisation ...Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Lewy body / NF-kB is activated and signals survival / response to mitochondrial depolarisation / aggrephagy / amphisome / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Interleukin-1 signaling / KEAP1-NFE2L2 pathway / pexophagy / regulation of protein complex stability / endosome organization / non-membrane-bounded organelle assembly / phagophore assembly site / aggresome / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-modified protein reader activity / autolysosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / intracellular non-membrane-bounded organelle / temperature homeostasis / immune system process / mitophagy / autophagosome / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / signaling adaptor activity / sperm midpiece / negative regulation of protein ubiquitination / protein sequestering activity / sarcomere / SH2 domain binding / molecular condensate scaffold activity / ubiquitin binding / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to ischemia / macroautophagy / protein kinase C binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / transcription coregulator activity / ionotropic glutamate receptor binding / P-body / protein catabolic process / PML body / autophagy / protein import into nucleus / late endosome / protein-macromolecule adaptor activity / signaling receptor activity / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / positive regulation of protein phosphorylation / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, DGSA-DISTANCE GEOMETRY SIMULATE ANNEALING | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Isogai, S. / Morimoto, D. / Arita, K. / Unzai, S. / Tenno, T. / Hasegawa, J. / Sou, Y. / Komatsu, M. / Tanaka, K. / Shirakawa, M. / Tochio, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the UBA omain of p62 and its interaction with ubiquitin 著者: Isogai, S. / Morimoto, D. / Arita, K. / Unzai, S. / Tenno, T. / Sou, Y. / Komatsu, M. / Tanaka, K. / Shirakawa, M. / Tochio, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rru.cif.gz | 363.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2rru.ent.gz | 306.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rru_validation.pdf.gz | 465.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2rru_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2rru_validation.xml.gz | 115.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rru_validation.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/2rru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/2rru | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5817.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain (UNP RESIDUES 393-438) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SQSTM1, A170, STAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64337 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: 0.4 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] P62/SEQUESTOSOME-1-1, 2.4 mM Ubiquitin-2, 10 % [U-2H] D2O-3, 20 mM potassium phosphate-4, 5 mM potassium chloride-5, 1 mM EDTA-6, 10 % D2O-7, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 0.025 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, DGSA-DISTANCE GEOMETRY SIMULATE ANNEALING ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |