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万見
- PDB-2rre: Structure and function of the N-terminal nucleolin binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rre
タイトルStructure and function of the N-terminal nucleolin binding domain of nuclear valocine containing protein like 2 (NVL2) harboring a nucleolar localization signal
要素Putative uncharacterized protein
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nucleolar localization signal / RNA binding / alternatively spliced domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to nucleolus / nuclear exosome (RNase complex) / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of telomerase activity / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / positive regulation of protein binding / nucleolus ...regulation of protein localization to nucleolus / nuclear exosome (RNase complex) / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of telomerase activity / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / positive regulation of protein binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2010 / NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2010 / NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Arc Repressor Mutant, subunit A / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleolin_bd domain-containing protein / Nuclear valosin-containing protein-like
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 5
データ登録者Fujiwara, Y. / Fujiwara, K. / Goda, N. / Iwaya, N. / Tenno, T. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and function of the N-terminal nucleolin binding domain of nuclear valosin-containing protein-like 2 (NVL2) harboring a nucleolar localization signal
著者: Fujiwara, Y. / Fujiwara, K. / Goda, N. / Iwaya, N. / Tenno, T. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1091
ポリマ－9,1091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / NVL2


分子量: 9108.525 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-74 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: The PRESAT-vector: asymmetric T-vector for high-throughput screening of soluble protein domains for structural proteomics. Goda N, Tenno T, Takasu H, Hiroaki H, Shirakawa M. Protein Sci. 2004 ...解説: The PRESAT-vector: asymmetric T-vector for high-throughput screening of soluble protein domains for structural proteomics. Goda N, Tenno T, Takasu H, Hiroaki H, Shirakawa M. Protein Sci. 2004 Mar;13(3):652-8.PMID: 14978305
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CRW9, UniProt: Q9DBY8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: 20 structure ensemble
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D H(CCO)NH
1513D 1H-15N NOESY
1623D 1H-13C NOESY
1723D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM [U-99% 15N] NVL2 N-terminal domain; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.6mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NVL2 N-terminal domain; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMNVL2 N-terminal domain-1[U-99% 15N]1
0.6 mMNVL2 N-terminal domain-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX8002
GE AvanceGEAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNS1.2精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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