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万見
- PDB-2rpb: The solution structure of membrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rpb
タイトルThe solution structure of membrane protein
要素hypothetical membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SPFH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Band 7 domain / : / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily ...Band 7 domain / : / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7/SPFH domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prokaryotic stomatin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, rigid body restrained molecular dynamics
データ登録者Kuwahara, Y. / Unzai, S. / Nagata, T. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure of membrane protein
著者: Kuwahara, Y. / Unzai, S. / Nagata, T. / Hiroaki, H.
履歴
登録2008年5月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8691
ポリマ－12,8691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 hypothetical membrane protein


分子量: 12868.731 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58205

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCANH
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D CC(CO)NH
1813D HCC(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D 13C-editted NOESY
11113D 15N-editted NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stomatin archea homolog, 20mM HEPES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM [U-100% 13C] stomatin archea homolog, 20mM HEPES, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMstomatin archea homolog[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMHEPES1
0.8 mMstomatin archea homolog[U-100% 13C]2
20 mMHEPES2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrich精密化
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
Sparky3.106Goddardchemical shift assignment
Sparky3.106Goddard精密化
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, rigid body restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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