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- PDB-2rmn: The solution structure of the p63 DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rmn
タイトルThe solution structure of the p63 DNA-binding domain
要素Tumor protein 63
キーワードCELL CYCLE / ANTITUMOR PROTEIN / Protein / Beta sandwich / DNA binding / p53 family / Activator / Alternative promoter usage / Apoptosis / Developmental protein / Disease mutation / DNA-binding / Ectodermal dysplasia / Metal-binding / Notch signaling pathway / Nucleus / Phosphorylation / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / WW domain binding / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of stem cell proliferation / epithelial cell development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / Pyroptosis / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / stem cell proliferation / skeletal system development / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein tetramerization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular senescence / p53 binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / dendrite / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Enthart, A. / Kessler, H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Solution structure and binding specificity of the p63 DNA binding domain
著者: Enthart, A. / Klein, C. / Dehner, A. / Coles, M. / Gemmecker, G. / Kessler, H. / Hagn, F.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein 63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9302
ポリマ－25,8641
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein 63 / p63 / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p51 / p40 / ...p63 / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p51 / p40 / Keratinocyte transcription factor KET / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP


分子量: 25864.266 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain, UNP residues 153-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: p20020 is as modified pQ40 vector (Klein et al., J. Biol. Chem., 276, 49020-7.)
遺伝子: P63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 11 AND 12 IN THE DATABASE, P63_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNHA
1213D HNHB
1313D 1H-15N NOESY
1423D 1H-13C NOESY
1523D CNH NOESY
1623D 1H-15N NOESY
NMR実験の詳細Text: CNH-NOESY means 13C-HSQC-NOE-15N-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM [U-15N] p63BDB; 50mM potassium chloride; 50mM potassium phosphate; 5mM DTT; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7mM [U-13C; U-15N] p63BDB; 50mM potassium chloride; 50mM potassium phosphate; 5mM DTT; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMp63BDB[U-15N]1
50 mMpotassium chloride1
50 mMpotassium phosphate1
5 mMDTT1
0.7 mMp63BDB[U-13C; U-15N]2
50 mMpotassium chloride2
50 mMpotassium phosphate2
5 mMDTT2
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002
Bruker DMXBrukerDMX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardデータ解析
Sparky3.11Goddardpeak picking
X-PLOR NIH2.16.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.16.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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