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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rln | ||||||
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タイトル | THERMODYNAMIC AND STRUCTURAL CONSEQUENCES OF CHANGING A SULPHUR ATOM TO A METHYLENE GROUP IN THE M13NLE MUTATION IN RIBONUCLEASE S | ||||||
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![]() | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER / RNA) | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ratnaparkhi, G. / Varadarajan, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Thermodynamic and structural consequences of changing a sulfur atom to a methylene group in the M13Nle mutation in ribonuclease-S. 著者: Thomson, J. / Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. / Sturtevant, J.M. / Richards, F.M. #1: ![]() タイトル: Crystallographic Structures of Ribonuclease S Variants with Nonpolar Substitutions at Position 13: Packing and Cavities 著者: Varadarajan, R. / Richards, F.M. #2: ![]() タイトル: Refinement of the Crystal Structure of Ribonuclease S. Comparison with and between the Various Ribonuclease A Structures 著者: Kim, E.E. / Varadarajan, R. / Wyckoff, H.W. / Richards, F.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 93 / 2: CIS PROLINE - PRO E 114 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1732.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P61823*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11973.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THIS RNASE S (M13NLE) MUTANT IS ONE OF A SERIES OF MUTANTS OF RNASE S AT POSITION 13. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.75 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.5 |