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- PDB-2rlc: Crystal Structure of the Conjugated Bile Acid Hydrolase from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rlc
タイトルCrystal Structure of the Conjugated Bile Acid Hydrolase from Clostridium perfringens in Complex with Reaction Products Glycine and Cholate
要素Choloylglycine hydrolase
キーワードHYDROLASE / Choloylglycine hydrolase / BSH / Ntn-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


chenodeoxycholoyltaurine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase / choloylglycine hydrolase activity / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / GLYCINE / Bile salt hydrolase/transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rossmann, M. / Saenger, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of choloyl glycine hydrolase from Clostridium perfringens
著者: Rossmann, M. / Saenger, W.
履歴
登録2007年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1895
ポリマ－37,5131
非ポリマー6764
水6,846380
1
A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子

A: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,75520
ポリマ－150,0524
非ポリマー2,70316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z+1/21
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area24100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.240, 64.240, 169.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-590-

HOH

31A-591-

HOH

41A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Choloylglycine hydrolase / Conjugated bile acid hydrolase / CBAH / Bile salt hydrolase


分子量: 37513.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cbh / プラスミド: pKLH101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54965, choloylglycine hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10 mM BisTris pH 5.5, 20 mM ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 10 mM Na-Glycocholate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 62897 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.237 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.34
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.90.315.1479819412100
1.9-20.2167.338935763199.9
2-2.50.11613.211485222411100
2.5-30.06322.7509969885100
3-40.03835.740583787899.9
4-60.02843.120891402699.8
6-100.02643.96946133099.4
100.02448.1170132485

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.538 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been added in the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1722 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 33907 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 44 380 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9723704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3175331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4925.659129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0615470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.575158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.21288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0780.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4661.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74222669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7931166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1324.51035
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 132 -
Rwork0.22 2294 -
all-2426 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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