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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rla | ||||||
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タイトル | ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION | ||||||
![]() | ARGINASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / UREA CYCLE / ARGININE METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / arginine metabolic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to axon injury / response to vitamin E / response to amino acid / maternal process involved in female pregnancy / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scolnick, L.R. / Kanyo, Z.F. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Altering the binuclear manganese cluster of arginase diminishes thermostability and catalytic function. 著者: Scolnick, L.R. / Kanyo, Z.F. / Cavalli, R.C. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35045.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2 SOAKED FOR 1 WEEK WITH 20 MM EDTA + DPA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: YALE |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→8 Å / Num. obs: 14894 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 79.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 17377 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RAT LIVER ARGINASE 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.0004 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 12 Å / Luzzati sigma a obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS + RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.22 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 14349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.29 |