+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rkx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The 3D structure of chain D, cyclase subunit of imidazoleglycerol_evolvedcerolphosphate synthase | ||||||
![]() | Cyclase subunit of imidazoleglycerol_evolvedcerolphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / Alpha-Beta Barrel / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Amino-acid biosynthesis / Cytoplasm / Histidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tawfik, D. / Khersonsky, O. / Albeck, S. / Dym, O. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kemp elimination catalysts by computational enzyme design. 著者: Rothlisberger, D. / Khersonsky, O. / Wollacott, A.M. / Jiang, L. / DeChancie, J. / Betker, J. / Gallaher, J.L. / Althoff, E.A. / Zanghellini, A. / Dym, O. / Albeck, S. / Houk, K.N. / Tawfik, D.S. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 46.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 427 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1thfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28051.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic protein 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | AUTHORS PROVIDED TARGETDB ID W00826 WHICH DOES NOT EXIST IN THE TARGET DATABASE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.88 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.2M NaF, pH 7.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月18日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 20784 / Num. obs: 20784 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 36.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 2025 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1THF 解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.623 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.665 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
|