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- PDB-2rkn: X-ray structure of the self-defense and signaling protein DIR1 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkn
タイトルX-ray structure of the self-defense and signaling protein DIR1 from Arabidopsis taliana
要素DIR1 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIPID TRANSPORT / LTP / DEFENSE SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory vesicle / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / apoplast / plasmodesma / lipid transport / fatty acid binding / endoplasmic reticulum / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative lipid-transfer protein DIR1-like / Non-specific lipid-transfer protein-like / Probable lipid transfer / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LP3 / Putative lipid-transfer protein DIR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lascombe, M.B. / Prange, T. / Buhot, N. / Marion, D. / Bakan, B. / Lamb, C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The structure of "defective in induced resistance" protein of Arabidopsis thaliana, DIR1, reveals a new type of lipid transfer protein.
著者: Lascombe, M.B. / Bakan, B. / Buhot, N. / Marion, D. / Blein, J.P. / Larue, V. / Lamb, C. / Prange, T.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization of DIR1, a LTP2-like resistance signalling protein from Arabidopsis thaliana
著者: Lascombe, M.B. / Buhot, N. / Bakan, B. / Marion, D. / Blein, J.P. / Lamb, C.J.
履歴
登録2007年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIR1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2966
ポリマ－8,0501
非ポリマー1,2465
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.655, 48.217, 54.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DIR1 protein / At5g48485


分子量: 8050.096 Da / 分子数: 1 / 断片: LTP DEFENSE PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DIR1 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q8W453
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-LP3 / (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 524.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H55NO7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.08M acetate buffer pH 6.0, 0.02M ZnSO4, 22% PEG 600 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.28230, 1.28310, 1.2770
シンクロトロンESRF ID14-120.933
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年4月4日Mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年11月17日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111) MONOCHROMATORMADMx-ray1
2Diamond (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28231
21.28311
31.2771
40.9331
反射最低解像度: 15 Å / Num. obs: 10412 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→9.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.206 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 496 4.8 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.192 10412 --
obs0.192 10335 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→9.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数557 0 63 124 744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2292.0771049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6675108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg49.50727.85728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.80815122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.080.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5671.5471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2662755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1093314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7684.5283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.279320.201693725100
1.64-1.6840.272290.198697726100
1.684-1.7310.282330.217666699100
1.731-1.7830.257400.207653693100
1.783-1.840.228310.192608639100
1.84-1.9020.258350.202611646100
1.902-1.9710.29310.218595626100
1.971-2.0480.265250.203584609100
2.048-2.1350.26370.18532569100
2.135-2.2340.237260.179528554100
2.234-2.3480.215210.175519540100
2.348-2.4820.225280.184473501100
2.482-2.6410.194220.184460482100
2.641-2.8360.29230.184426449100
2.836-3.0820.309190.187404423100
3.082-3.4050.162180.1737139099.744
3.405-3.8570.276160.1732734898.563
3.857-4.5540.225100.16828731095.806
4.554-5.8530.349140.21223525996.139
5.853-9.9180.21960.26717019888.889
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.741 Å / Origin y: 5.349 Å / Origin z: 8.273 Å
111213212223313233
T-0.1064 Å20.025 Å20.0177 Å2--0.2752 Å20.0034 Å2---0.2341 Å2
L2.1642 °21.661 °20.6736 °2-4.4006 °2-1.2992 °2--3.3043 °2
S0.0269 Å °0.02 Å °-0.1894 Å °0.1383 Å °0.0294 Å °-0.1804 Å °-0.0082 Å °0.0588 Å °-0.0563 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 194 - 19
2X-RAY DIFFRACTION1AA28 - 3728 - 37
3X-RAY DIFFRACTION1AA39 - 4639 - 46
4X-RAY DIFFRACTION1AA50 - 5550 - 55
5X-RAY DIFFRACTION1AA58 - 6958 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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