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- PDB-2rk8: The Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with phosphonoformate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rk8
タイトルThe Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with phosphonoformate
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / kinase / gluconeogenesis / Decarboxylase / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process ...Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / regulation of lipid biosynthetic process / tricarboxylic acid metabolic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic response / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / cellular hyperosmotic response / nucleoside diphosphate kinase activity / cellular hyperosmotic salinity response / response to lipid / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to nutrient levels / gluconeogenesis / response to activity / cellular response to glucose stimulus / response to bacterium / response to insulin / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / GDP binding / cellular response to tumor necrosis factor / glucose homeostasis / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHONOFORMIC ACID / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sullivan, S.M. / Stiffin, R.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Differential Inhibition of Cytosolic PEPCK by Substrate Analogues. Kinetic and Structural Characterization of Inhibitor Recognition.
著者: Stiffin, R.M. / Sullivan, S.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,89411
ポリマ－139,2882
非ポリマー6069
水15,115839
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0006
ポリマ－69,6441
非ポリマー3565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8945
ポリマ－69,6441
非ポリマー2504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.251, 119.470, 86.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)

-
非ポリマー , 6種, 848分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PPF / PHOSPHONOFORMIC ACID / ホスカルネット


分子量: 126.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3O5P / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12-30% PEG 3350, 0.1M HEPES,10 MM MNCL2, pH 7.4, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月16日 / 詳細: BLUE OSMIC Confocal MIRRORS
放射モノクロメーター: Blue osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 80055 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Rsym value: 0.516
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化解像度: 2→30.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.712 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 4000 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 80020 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.02 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9691 0 31 839 10561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.96413991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64251322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93724.313473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79151810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2061563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.25032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.26911
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1570.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.56282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.704210164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99234197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6364.53781
LS精密化 シェル解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 261 -
Rwork0.272 5179 -
all-5440 -
obs--91.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.141.6667-6.49071.5031.916810.434-0.1261-0.28740.4935-0.17720.32880.27320.9087-0.0921-0.20270.09220.00970.0679-0.0144-0.07720.064155.987817.812-17.4886
21.02480.7519-0.4551.99220.03612.1974-0.01510.0128-0.0339-0.00280.0849-0.199-0.09350.1919-0.0698-0.01690.0066-0.01290.0533-0.01540.073646.628217.4969-4.3953
30.394-0.1976-0.44061.78070.49341.3270.07730.04070.0547-0.0529-0.11360.0921-0.2373-0.10330.03640.0301-0.00460.00180.0267-0.01470.057725.362918.11212.2248
43.56421.75750.19343.7939-0.13141.6336-0.0599-0.03750.0699-0.29310.1733-0.02470.0037-0.0027-0.11340.0737-0.0008-0.00750.0621-0.0091-0.006926.1222-10.3094-13.9012
50.65850.4746-0.42061.84450.23411.8161-0.03180.09790.0568-0.1015-0.0317-0.09420.00240.14020.0635-0.00590.0055-0.02140.05290.00830.037237.118910.1152-9.5295
60.35110.09710.05421.17570.27160.60080.05120.02330.03590.1292-0.0374-0.01490.0680.0483-0.01380.0348-0.0099-0.0280.070.00660.054539.080510.25130.1474
72.0651-1.68290.16133.85480.92181.70770.15470.21-0.1208-0.0274-0.24830.3053-0.06770.00210.0937-0.0034-0.01840.01110.05540.00630.019328.8410.1809-9.3535
80.2870.185-0.22660.4599-0.37410.33160.03640.01570.01020.0241-0.00660.0641-0.03230.0447-0.02970.0599-0.0222-0.00780.0843-0.01340.046728.612-3.22618.3774
90.21660.03970.20750.477-0.51950.86050.069-0.09510.06070.0534-0.0185-0.0118-0.13420.0976-0.05050.0706-0.01250.00370.0643-0.00880.04127.6326-2.705317.5226
101.444-1.39040.61643.48740.12230.5016-0.03090.0140.02980.5830.0120.4156-0.21990.06960.01890.1139-0.00820.1376-0.025-0.03180.104915.485317.622815.4728
110.4677-0.03190.66761.5201-0.69371.22960.0614-0.07460.08930.3182-0.09540.33-0.1841-0.03940.03390.0458-0.00660.06230.0631-0.03540.096519.853211.49911.3112
120.57950.08160.0590.3215-0.23330.3834-0.0269-0.0054-0.0099-0.03810.0454-0.0171-0.0414-0.046-0.01860.05550.0056-0.01070.0533-0.0140.062519.3974-12.08764.6288
130.75760.0645-0.25740.08630.21812.29560.0194-0.0844-0.05560.0428-0.0353-0.0197-0.1187-0.09810.0160.02250.0084-0.0120.04160.00480.050116.3649-12.253517.0183
141.19970.24791.66114.78242.24893.16320.2062-0.2344-0.4310.3944-0.23360.34910.0035-0.43630.02740.0178-0.03790.0590.08360.07870.03211.1682-18.903224.2017
151.13390.1896-0.57051.0712-0.07251.3207-0.04310.0511-0.1697-0.23380.03370.12360.0392-0.21690.0093-0.00250.0022-0.06190.0525-0.00230.079311.3724-22.44392.7631
1623.39636.1479-34.363.0273-9.572350.67050.4525-0.51991.5134-0.77090.6930.20271.9518-0.4399-1.14540.1791-0.1430.09790.1762-0.06660.018636.973119.1542-57.7463
170.9139-0.28050.22653.47210.20562.78370.02840.0909-0.0683-0.22860.1179-0.4666-0.05050.3052-0.1463-0.0277-0.03030.03430.0649-0.01250.107530.496215.1352-48.309
181.03190.0628-0.50790.93460.30721.04950.1180.04830.15120.1346-0.0690.135-0.15240.0546-0.0490.0490.0049-0.00850.0098-0.00630.067711.069221.8639-37.3118
190.75781.11230.40353.4689-0.22030.5744-0.12740.0325-0.0293-0.31210.0853-0.01540.07280.00950.0420.0558-0.0196-0.00530.09-0.01540.026910.1572-6.1213-56.8362
200.170.1569-0.12531.01670.11360.67390.0254-0.03310.03450.0346-0.0603-0.04560.00650.01770.03480.0367-0.0243-0.02610.07810.00940.051419.386711.2754-40.7072
210.5940.4173-0.1391.45650.86410.82750.05060.1212-0.0603-0.1206-0.07270.0789-0.0326-0.00450.0221-0.0006-0.0094-0.02040.05930.00840.024315.245411.9508-49.1122
220.11550.01280.1592.3929-0.52880.34380.0652-0.0438-0.0013-0.0267-0.108-0.00360.02040.05320.04280.0362-0.014-0.02270.1063-0.00410.030314.5092-1.0515-43.0048
232.49720.47340.03510.52920.48041.47540.1767-0.150.13170.0551-0.11690.0799-0.14440.0787-0.05980.1359-0.0390.03650.0079-0.01140.00962.3913-4.5399-20.1495
240.30170.01970.06591.3719-0.34790.12280.065-0.06330.06280.2272-0.0780.14620.00370.04970.0130.0712-0.04180.03550.0593-0.03970.0395.16036.521-28.0877
252.38210.8805-1.13764.580.07736.90790.11270.02630.12130.27160.05050.7909-0.3415-0.3941-0.1633-0.12390.03840.0785-0.0472-0.06790.2458-9.906921.4011-31.1687
261.2185-0.83971.45592.4468-1.53672.46760.0652-0.10040.03290.25920.04140.4654-0.1373-0.21-0.10660.0106-0.00050.08880.0699-0.0560.1573-3.285114.0945-32.0343
270.39110.3663-0.0090.34340.00810.70040.03420.0272-0.02170.0459-0.01480.0333-0.08170.0127-0.01950.07050.016-0.00190.0516-0.00580.04792.558-12.5132-35.2092
281.60250.1154-0.23280.33180.20711.97880.17670.05060.01710.1504-0.15520.0774-0.1454-0.0442-0.02150.06980.00570.01650.0275-0.01210.0338-3.9654-12.2315-24.801
290.31060.26750.74616.72470.13871.84890.2327-0.1729-0.260.6159-0.11390.57410.1341-0.1548-0.11880.0448-0.06020.09060.07930.00660.0248-9.0497-18.9824-18.0606
300.63810.3389-0.2890.735-0.3440.9778-0.02540.0826-0.1366-0.07010.02320.13110.018-0.10990.00210.02770.0135-0.02870.0434-0.01360.0828-7.4479-22.8348-39.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 93 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2AA10 - 5412 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 9657 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4AA97 - 11999 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5AA120 - 149122 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6AA150 - 204152 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7AA205 - 227207 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8AA228 - 296230 - 298
9X-RAY DIFFRACTION9AA297 - 341299 - 343
10X-RAY DIFFRACTION10AA342 - 385344 - 387
11X-RAY DIFFRACTION11AA386 - 426388 - 428
12X-RAY DIFFRACTION12AA427 - 499429 - 501
13X-RAY DIFFRACTION13AA500 - 543502 - 545
14X-RAY DIFFRACTION14AA544 - 571546 - 573
15X-RAY DIFFRACTION15AA572 - 622574 - 624
16X-RAY DIFFRACTION16BB4 - 116 - 13
17X-RAY DIFFRACTION17BB12 - 4014 - 42
18X-RAY DIFFRACTION18BB41 - 8943 - 91
19X-RAY DIFFRACTION19BB90 - 12792 - 129
20X-RAY DIFFRACTION20BB128 - 179130 - 181
21X-RAY DIFFRACTION21BB180 - 224182 - 226
22X-RAY DIFFRACTION22BB225 - 264227 - 266
23X-RAY DIFFRACTION23BB265 - 307267 - 309
24X-RAY DIFFRACTION24BB308 - 370310 - 372
25X-RAY DIFFRACTION25BB371 - 388373 - 390
26X-RAY DIFFRACTION26BB389 - 418391 - 420
27X-RAY DIFFRACTION27BB419 - 499421 - 501
28X-RAY DIFFRACTION28BB500 - 544502 - 546
29X-RAY DIFFRACTION29BB545 - 571547 - 573
30X-RAY DIFFRACTION30BB572 - 622574 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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