PDB-2rjn: Crystal structure of an uncharacterized protein Q2BKU2 from Neptu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rjn

タイトル

Crystal structure of an uncharacterized protein Q2BKU2 from Neptuniibacter caesariensis

要素

Response regulator receiver:Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / Oceanospirillum sp. MED92 / Neptuniibacter caesariensis / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Neptuniibacter caesariensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein Q2BKU2 from Neptuniibacter caesariensis.
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2007年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月3日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rjn.cif.gz	42.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rjn.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rjn_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rjn_full_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示
XML形式データ	2rjn_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	2rjn_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/2rjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/2rjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lnx-d 4fyu-3 4wbr-d 5v50-7 5aj8-1 6jzv-2 4w98-d 2w6l-d 4k08-d 2lt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11008k

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator receiver:Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.474, 52.973, 55.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.960, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-188- HOH

詳細

Authors state that the biological unit is unknown.

#1: タンパク質	Response regulator receiver:Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain 分子量: 17657.207 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neptuniibacter caesariensis (バクテリア) 株: MED92 / 遺伝子: MED92_01309 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon+RIL / 参照: UniProt: Q2BKU2, UniProt: A0A7U8C3V7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Response regulator receiver:Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain

分子量: 17657.207 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neptuniibacter caesariensis (バクテリア)
株: MED92 / 遺伝子: MED92_01309 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon+RIL / 参照: UniProt: Q2BKU2, UniProt: A0A7U8C3V7*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4 M Sodium formate, 0.01M Spermine tetrachloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日 / 詳細: X29

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 14.6 / 数: 68890 / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 2.37 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19935 / % possible obs: 79.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	50	98.9	1	0.046	4.774	3.8
3.42	4.31	100	1	0.053	4.104	3.8
2.99	3.42	100	1	0.07	2.827	3.8
2.71	2.99	99.4	1	0.084	1.801	3.7
2.52	2.71	93.2	1	0.096	1.379	3.5
2.37	2.52	81	1	0.106	1.171	3.3
2.25	2.37	69.6	1	0.12	0.976	3.2
2.15	2.25	61.2	1	0.13	0.931	3
2.07	2.15	52.7	1	0.154	0.8	2.9
2	2.07	42.4	1	0.188	0.698	2.6

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19935 / % possible obs: 79.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 2.372 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	2.6	0.188	1061	0.698	1	42.4
2.07-2.15	2.9	0.154	1308	0.8	1	52.7
2.15-2.25	3	0.13	1521	0.931	1	61.2
2.25-2.37	3.2	0.12	1737	0.976	1	69.6
2.37-2.52	3.3	0.106	2041	1.171	1	81
2.52-2.71	3.5	0.096	2285	1.379	1	93.2
2.71-2.99	3.7	0.084	2529	1.801	1	99.4
2.99-3.42	3.8	0.07	2491	2.827	1	100
3.42-4.31	3.8	0.053	2481	4.104	1	100
4.31-50	3.8	0.046	2481	4.774	1	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CBASS		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 9.36 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Bijvoet differences were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	481	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.187	9628	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0.93 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1078	0	0	64	1142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.991	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.982	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.755	24.902	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.235	15	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.405	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.233	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.702	1.5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.835	20	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.877	20	447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.684	4.5	386

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	22	-
R_work	0.194	432	-
all	-	454	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.8908 Å / Origin y: 21.1673 Å / Origin z: 31.998 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1617 Å²	-0.0052 Å²	-0.0095 Å²	-	-0.0738 Å²	-0.004 Å²	-	-	-0.0947 Å²
L	1.9996 °²	-0.0959 °²	0.5858 °²	-	4.3592 °²	-0.1243 °²	-	-	6.1434 °²
S	0.0077 Å °	0.0076 Å °	0.0441 Å °	-0.3241 Å °	-0.0435 Å °	0.3447 Å °	0.0147 Å °	-0.7191 Å °	0.0358 Å °

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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