PDB-2rij: Crystal structure of a putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rij

タイトル

Crystal structure of a putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate n-succinyltransferase (cj1605c, dapd) from campylobacter jejuni at 1.90 A resolution

要素

Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase (NP_282733.1) from Campylobacter jejuni at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rij.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rij.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2rij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2rij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cab-d 6vr6-d 3flo-d 1r8y-d 6p7n-d 3zhq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 377381

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
259 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_454	y-1/3,x+1/3,-z-2/3	1
crystal symmetry operation	11_564	x-y+2/3,-y+4/3,-z-2/3	1
crystal symmetry operation	12_554	-x+2/3,-x+y+1/3,-z-2/3	1

2

A: Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

ヘテロ分子

A: Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

ヘテロ分子

A: Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
130 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.093, 135.093, 213.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-387- CL
2	1	A-397- HOH
3	1	A-419- HOH
4	1	A-444- HOH
5	1	A-491- HOH
6	1	A-546- HOH
7	1	A-633- HOH
8	1	A-665- HOH
9	1	A-834- HOH

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF BOTH HEXAMER AND TRIMER AS SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATES IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Putative 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N- succinyltransferase 分子量: 42887.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / Serotype O:2 / 遺伝子: NP_282733.1, dapD, Cj1605c / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 参照: UniProt: Q0P823, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NANODROP, 1.0M Na Citrate, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97957, 0.95373, 0.97942

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97957	1
2	0.95373	1
3	0.97942	1

反射

解像度: 1.9→29.54 Å / Num. obs: 59121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 4.1

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	7.5	0.7	32463	4335	1.068	100
1.95-2	7.5	0.9	31624	4209	0.838	100
2-2.06	7.5	1.2	30914	4112	0.643	100
2.06-2.12	7.5	1.5	30060	3997	0.508	100
2.12-2.19	7.5	2	29252	3885	0.379	100
2.19-2.27	7.5	2.3	28140	3734	0.324	100
2.27-2.36	7.5	2.7	27324	3627	0.275	100
2.36-2.45	7.5	3	26519	3518	0.246	100
2.45-2.56	7.5	3.5	25032	3320	0.208	100
2.56-2.69	7.6	4.2	24437	3233	0.175	100
2.69-2.83	7.5	5.2	22857	3028	0.14	100
2.83-3	7.5	6.1	22005	2916	0.114	100
3-3.21	7.5	6.3	20368	2715	0.105	100
3.21-3.47	7.4	6.3	18830	2537	0.095	100
3.47-3.8	7.4	7.4	17253	2346	0.081	100
3.8-4.25	7.4	8.4	15819	2131	0.07	100
4.25-4.91	7.4	7.9	13975	1884	0.064	100
4.91-6.01	7.4	7.6	11856	1608	0.071	100
6.01-8.5	7.2	8.5	9213	1272	0.068	100
8.5-29.54	6.8	6.2	4835	714	0.07	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.196 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	2991	5.1 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
obs	0.157	59119	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.932 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0.64 Å²	0 Å²
2-	-	1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2904	0	21	448	3373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.989	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3	5173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.982	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.637	25.354	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.095	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.951	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.278	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.274	3	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.567	3	800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.005	5	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.439	8	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.341	11	1037

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	211	-
R_work	0.259	4105	-
all	-	4316	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.842 Å / Origin y: 59.41 Å / Origin z: -28.889 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0112 Å²	-0.0202 Å²	0.0136 Å²	-	-0.0492 Å²	0.0056 Å²	-	-	-0.0029 Å²
L	0.0673 °²	-0.0017 °²	0.0071 °²	-	0.4448 °²	-0.2014 °²	-	-	0.4055 °²
S	-0.0298 Å °	-0.0127 Å °	-0.028 Å °	0.0249 Å °	0.0207 Å °	0.0628 Å °	0.0982 Å °	-0.0427 Å °	0.0091 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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