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- PDB-2rh3: Crystal structure of plasmid pTiC58 VirC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rh3
タイトルCrystal structure of plasmid pTiC58 VirC2
要素Protein virC2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Ribbon-Helix-Helix / Protein / Crown gall tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
VirC2, RHH domain / VirC2 / VirC2, C-terminal domain superfamily / VirC2 protein / Arc Repressor Mutant / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lu, J. / Glover, J.N.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Agrobacterium tumefaciens VirC2 enhances T-DNA transfer and virulence through its C-terminal ribbon-helix-helix DNA-binding fold
著者: Lu, J. / den Dulk-Ras, A. / Hooykaas, P.J. / Glover, J.N.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein virC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4131
ポリマ－13,4131
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.374, 57.374, 33.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Protein virC2


分子量: 13413.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: GV3101(pMP90) / 遺伝子: virC2 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07166
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.979602
シンクロトロンALS 8.3.121.115872
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 2101CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796021
21.1158721
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 13.7 / 数: 23945 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.9 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 6705 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.833080.110.0141.0033.7
6.237.838910.0311.013.6
5.456.2397.410.0460.9183.4
4.955.4597.910.0510.9433.5
4.64.9599.410.0570.9783.6
4.334.610010.071.1273.6
4.114.3399.710.0751.1033.6
3.934.1199.710.0791.1483.5
3.783.9310010.0841.0593.6
3.653.7899.710.11.1573.6
3.543.6510010.1121.1473.6
3.443.5410010.1351.1423.6
3.353.4410010.171.2243.6
3.273.3510010.2061.1493.6
3.193.2710010.2531.2153.6
3.123.1910010.3041.1983.6
3.063.1299.710.3561.1743.6
33.0610010.4371.1593.5
2.95310010.4550.9563.6
2.92.9599.710.5311.1893.5
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 13804 / Num. obs: 13376 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 18.6 / Num. unique all: 13804 / Rsym value: 0.049 / % possible all: 96.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se37.4990.430.76300.73
2Se39.1920.6290.6440.2820.34
3Se47.2590.880.5790.1490.323
Phasing dmFOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0 / 反射: 3191 / Reflection acentric: 3191 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
8.3-28.1650.940.94136136
5.2-8.30.880.88422422
4.1-5.20.850.85538538
3.6-4.10.770.77547547
3.1-3.60.560.56965965
2.9-3.10.330.33583583

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.188 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been added in the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 678 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 13368 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数945 0 0 100 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.9741409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4995137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.65822.544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40415179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.422159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6681.5659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12421051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6783406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.684.5352
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 51 -
Rwork0.265 814 -
all-865 -
obs--85.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.3167 Å / Origin y: 33.0465 Å / Origin z: 11.6392 Å
111213212223313233
T0.018 Å20.0363 Å20.0175 Å2--0.0582 Å20.0119 Å2---0.0663 Å2
L1.3243 °2-1.0644 °20.281 °2-3.6129 °21.1027 °2--0.9714 °2
S-0.0312 Å °-0.0742 Å °0.0049 Å °-0.0422 Å °0.0211 Å °0.1778 Å °-0.2458 Å °-0.1795 Å °0.0101 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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