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万見
- PDB-2rgz: Ensemble refinement of the protein crystal structure of human hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rgz
タイトルEnsemble refinement of the protein crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme
要素Heme oxygenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ensemble Refinement / Refinement Methodology Development / Structural Genomics Medical Relevance / Structural Genomics Community Request / HO-2 / HEME Oxygenase / Endoplasmic reticulum / Iron / Metal-binding / Microsome / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress ...heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress / response to hypoxia / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Multi-conformer re-refinement / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Comparison of Apo- and Heme-bound Crystal Structures of a Truncated Human Heme Oxygenase-2.
著者: Bianchetti, C.M. / Yi, L. / Ragsdale, S.W. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 2
B: Heme oxygenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2164
ポリマ－60,9832
非ポリマー1,2332
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heme oxygenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1082
ポリマ－30,4911
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Heme oxygenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1082
ポリマ－30,4911
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.977, 85.094, 97.846
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
モデル数16

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 2 / HO-2


分子量: 30491.271 Da / 分子数: 2 / 変異: C127A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX2, HO2 / プラスミド: pGEX 4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P30519, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 1:1 ratio Heme, 2% DMSO, 0.050 M Potassium chloride, 0.050 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the Well solution (33% PEG DME 500, 0.020 M ...詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 1:1 ratio Heme, 2% DMSO, 0.050 M Potassium chloride, 0.050 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the Well solution (33% PEG DME 500, 0.020 M Magnesium chloride, 0.10 M HEPES pH 7.5). Cryoprotected with well solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→42.413 Å / Num. obs: 24030 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 16.268
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.32-2.41.80.7150.7767521.13727.4
2.4-2.53.10.81514820.96153.6
2.5-2.615.30.65321270.96677.1
2.61-2.7590.56226620.99695.8
2.75-2.9213.40.41627751.037100
2.92-3.1514.80.26828021.099100
3.15-3.4714.90.15327781.065100
3.47-3.9714.50.08528321.011100
3.97-513.20.07128331.06799.3
5-42.41313.50.04929871.00499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: Multi-conformer re-refinement
開始モデル: PDB entry 2QPP

2qpp


解像度: 2.61→39.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1772722.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: maximum likelihood using amplitudes
詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 2qpp and the first data set in the deposited structure factor file for 2qpp ...詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 2qpp and the first data set in the deposited structure factor file for 2qpp along with the R-free set defined therein. The coordinates were generated by an automated protocol from an initial model consisting of 16 identical copies of the protein and non-water hetero-atoms assigned fractional occupancies adding up to one, and a single copy of the solvent molecules. Refinement was carried out with all the conformers present simultaneously and with the potential energy terms corresponding to interactions between the different conformers excluded. The helix and sheet records were calculated using coordinates from the first conformer only. The structure visualization program PYMOL is well-suited for directly viewing the ensemble model presented in this PDB file.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1005 5.1 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs-19515 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.313 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 86 83 3721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.22.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.61-2.770.3731544.90.31829770.033238313196.7
2.77-2.990.2961755.50.19430300.0223211320599.8
2.99-3.290.2881665.10.16930630.0223232322999.9
3.29-3.760.2671765.40.17330800.023258325699.9
3.76-4.740.2031815.50.12930910.0153291327299.4
4.74-39.020.2411534.50.15132690.0193426342299.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hemeFE+3.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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