PDB-2rgq: Crystal structure of a protein of unknown function with a cystati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rgq

タイトル

Crystal structure of a protein of unknown function with a cystatin-like fold (npun_r3134) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 1.80 A resolution

要素

Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold (ZP_00111510.1) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rgq.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rgq.ent.gz	81.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rgq_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rgq_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	2rgq_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	2rgq_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/2rgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/2rgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xce-2 4e4s-2 2baz-d 2xx6-2 2xy3-2 5zz5-2 4e4s-1 5cxd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 378141

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold

B: Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold

C: Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold

ヘテロ分子

49.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.487, 93.768, 53.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Domain of Unknown Function with a Cystatin-Like Fold 分子量: 16407.725 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00111510.1 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NANODROP, 0.05M KH2PO4, 20.0% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0000, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 1.8→29.285 Å / Num. obs: 43329 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 16 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.85	3.4	0.571	1.3	10755	3126	0.571	99.1
1.85-1.9	3.5	0.443	1.4	10930	3083	0.443	99.3
1.9-1.95	3.5	0.371	1.1	10524	2970	0.371	99.5
1.95-2.01	3.6	0.284	2.6	10342	2913	0.284	99.3
2.01-2.08	3.6	0.242	1.3	10030	2820	0.242	99.7
2.08-2.15	3.6	0.189	3.9	9746	2745	0.189	99.6
2.15-2.23	3.6	0.163	4.5	9427	2654	0.163	99.9
2.23-2.32	3.5	0.149	3.7	9056	2565	0.149	99.8
2.32-2.43	3.5	0.123	5.9	8663	2448	0.123	99.9
2.43-2.55	3.5	0.115	6.3	8253	2340	0.115	99.8
2.55-2.68	3.5	0.1	7	7924	2257	0.1	99.8
2.68-2.85	3.5	0.084	7.9	7390	2116	0.084	99.9
2.85-3.04	3.5	0.075	9	6968	2006	0.075	99.9
3.04-3.29	3.5	0.07	9.1	6497	1883	0.07	99.9
3.29-3.6	3.4	0.069	8.5	5886	1733	0.069	100
3.6-4.02	3.3	0.063	6.8	5184	1586	0.063	99.9
4.02-4.65	3.1	0.054	11	4306	1388	0.054	99.1
4.65-5.69	3.4	0.047	11.4	4052	1208	0.047	99.8
5.69-8.05	3.4	0.046	11.9	3270	952	0.046	99.9
8.05-29.285	3.3	0.037	15.2	1763	536	0.037	95.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.285 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.359 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	2179	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.164	43295	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3143	0	38	439	3620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.967	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.439	3	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.615	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.499	24.129	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.784	15	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.164	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.3	599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.3	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.5	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.5	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.3	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.187	0.3	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.224	0.5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.388	2	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.405	2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.207	3	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.953	2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.846	3	1235

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	151	-
R_work	0.225	2961	-
all	-	3112	-
obs	-	-	98.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9979	-0.1302	0.3151	0.7217	-0.1879	0.567	-0.0129	0.1236	0.0526	-0.0256	-0.0172	0.0242	-0.0157	-0.0045	0.03	-0.0331	-0.0012	-0.0044	-0.0027	0.0058	-0.0351	11.3863	21.5559	25.0922
2	0.7129	-0.0478	-0.3446	0.2112	0.1605	0.7658	-0.0228	-0.0392	-0.0046	0.0644	0.0247	-0.0074	0.0952	-0.0002	-0.0019	-0.0076	0.0043	0.003	-0.0348	0.0038	-0.012	10.0353	10.2362	47.6148
3	0.4221	0.2604	0.0231	0.4327	0.032	0.4957	-0.0028	-0.0092	0.0558	-0.0084	-0.0074	0.0056	-0.0459	0.0307	0.0101	-0.0281	-0.0027	-0.0087	-0.0158	-0.0136	-0.004	27.7043	27.8801	43.3923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 133	2 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 133	2 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 134	3 - 135

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