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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rgk | ||||||
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タイトル | Functional annotation of Escherichia coli yihS-encoded protein | ||||||
![]() | Uncharacterized sugar isomerase yihS | ||||||
![]() | ISOMERASE / N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase protein family | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannose isomerase activity / sulfoquinovose isomerase / sulfoquinovose isomerase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / protein hexamerization / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Itoh, T. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of YihS in complex with D-mannose: structural annotation of Escherichia coli and Salmonella enterica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase 著者: Itoh, T. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 516 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 425.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48562.641 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EPE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16%(w/v) PEG 8000, 0.12M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 103244 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 52.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 15.5 / Num. unique all: 9462 / % possible all: 88.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AFA 解像度: 2.5→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3855156.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4947 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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