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万見
- PDB-2rfl: Crystal structure of the putative phosphohistidine phosphatase Si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfl
タイトルCrystal structure of the putative phosphohistidine phosphatase SixA from Agrobacterium tumefaciens
要素Putative phosphohistidine phosphatase SixA
キーワードHYDROLASE / ISOMERASE / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / THIOCYANATE ION / Uncharacterized protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kim, Y. / Binkowski, T. / Xu, X. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Phosphohistidine Phosphatase SixA from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Kim, Y. / Binkowski, T. / Xu, X. / Gu, J. / Que, Q. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
B: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
C: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
D: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
E: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
F: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
G: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
H: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,76412
ポリマ－153,4628
非ポリマー3024
水10,467581
1
A: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3333
ポリマ－19,1831
非ポリマー1502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative phosphohistidine phosphatase SixA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1831
ポリマ－19,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative phosphohistidine phosphatase SixA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1831
ポリマ－19,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2432
ポリマ－19,1831
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Putative phosphohistidine phosphatase SixA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1831
ポリマ－19,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Putative phosphohistidine phosphatase SixA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1831
ポリマ－19,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Putative phosphohistidine phosphatase SixA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2752
ポリマ－19,1831
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Putative phosphohistidine phosphatase SixA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1831
ポリマ－19,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.966, 201.503, 72.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Authors state that the biological unit is unknown.

-
要素

#1: タンパク質
Putative phosphohistidine phosphatase SixA / AGR_C_2511p / Uncharacterized protein Atu1358 / Phosphoglycerate mutase


分子量: 19182.713 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_2511, Atu1358 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8UFN9, UniProt: A9CJ67*PLUS, EC: 5.4.2.1, EC: 3.1.3.13, bisphosphoglycerate mutase
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Thiocyanate, 20 % PEG 3350, 2 % Sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 63011 / Num. obs: 63011 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 40.75 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5485 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 18.734 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.298
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: Program CCI has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 6323 10.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.236 56318 --
obs0.236 56318 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å2-0.83 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9516 0 19 581 10116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.95213584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.92851240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14322.972498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.715151594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.92415107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.25085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.26476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0371.56198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12129912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.21633789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3654.53672
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 409 -
Rwork0.253 3581 -
obs-3990 84.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01520.25520.4121.26760.48780.28990.02640.1365-0.02640.0677-0.0822-0.0469-0.0038-0.07550.0558-0.2101-0.0166-0.0116-0.20670.0071-0.2597-37.667910.5614-8.6706
20.2101-0.50240.08661.2048-0.17970.25930.0579-0.0262-0.0222-0.0366-0.07760.0170.13030.0360.0197-0.25440.00570.0125-0.1443-0.0191-0.2292-15.3454-5.8778-1.9356
30.5405-0.1101-0.26191.2458-0.7751.34950.0127-0.0458-0.06960.0943-0.11610.0374-0.07840.03080.1034-0.30150.0045-0.0083-0.1992-0.0274-0.2794-15.26261.470825.2282
41.11940.2774-0.18770.1818-0.13030.0936-0.00270.1121-0.0742-0.02470.0168-0.04390.08740.0848-0.0141-0.18630.02130.0212-0.151-0.0215-0.2631-17.925462.6377-4.9178
50.5178-0.06510.10420.5745-0.69121.4601-0.00120.0223-0.1496-0.05960.00620.05290.1278-0.196-0.0051-0.3035-0.00140.0098-0.2838-0.0215-0.2652-40.86589.072621.1785
61.856-0.33090.39130.3096-0.32971.32010.0089-0.2107-0.10760.06580.01610.04710.09070.0267-0.025-0.28250.01640.0027-0.2246-0.0021-0.2625-18.3732-6.923628.2886
70.6527-0.1092-0.46250.92950.10620.6451-0.04580.17390.025-0.03840.0072-0.0443-0.0357-0.04750.0387-0.31910.00420.0025-0.26850.0022-0.32-40.547946.52361.9153
80.61920.0217-0.27590.54820.13170.15940.1207-0.0370.0603-0.1042-0.10670.0048-0.02780.0406-0.014-0.18860.02680.0204-0.1647-0.0119-0.2524-37.717545.156131.6642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1676 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 1677 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1677 - 169
4X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 1686 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5EE5 - 1687 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6FF4 - 1666 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7GG4 - 1676 - 169
8X-RAY DIFFRACTION8HH3 - 1675 - 169

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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