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万見
- PDB-2rf6: Crystal Structure of the Vaccinia Virus Dual-Specificity Phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rf6
タイトルCrystal Structure of the Vaccinia Virus Dual-Specificity Phosphatase VH1
要素Dual specificity protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / dual-specificity phosphatase / Vaccinia virus / VH1 / Late protein / Protein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / virion component / host cell cytoplasm ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / virion component / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity protein phosphatase OPG106
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Koksal, A.C. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Vaccinia Virus Dual-Specificity Phosphatase VH1
著者: Koksal, A.C. / Nardozzi, J.D. / Cingolani, G.
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3592
ポリマ－20,2621
非ポリマー961
水3,099172
1
A: Dual specificity protein phosphatase
ヘテロ分子

A: Dual specificity protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7174
ポリマ－40,5252
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2610 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.638, 63.994, 135.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-189-

HOH

21A-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein phosphatase / Late protein H1


分子量: 20262.455 Da / 分子数: 1 / 変異: c110s / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Western Reserve/WR / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P07239, protein-tyrosine-phosphatase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: バッチ法 / pH: 7
詳細: 82% PEG 400, 0.1M MOPS pH 7.0, BATCH, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Xcalibur / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月18日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→6 Å / Num. all: 10692 / Num. obs: 10692 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16.031 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 1148 / Rsym value: 0.169 / % possible all: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrysalisProCCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P4D Variola major H1 phosphatase

2p4d


解像度: 1.95→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927
Isotropic thermal model: isotropic for protein atoms and water, anisotropic for sulfate ion.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20813 511 4.8 %RANDOM
Rwork0.18691 ---
obs0.18794 10161 87.77 %-
all-12159 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 5 172 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9781899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9045169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61223.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.10215263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.188158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3481.5851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.40421387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4293555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0964.5512
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 23 -
Rwork0.228 422 -
obs-248 54.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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