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- PDB-2rf1: Crystal structure of ChoX in an unliganded closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rf1
タイトルCrystal structure of ChoX in an unliganded closed conformation
要素PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Type II binding protein / Aromatic box / ABC-transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


choline transport / choline binding / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Choline ABC transporter, substrate-binding protein / Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline ABC transporter, periplasmic solute-binding component
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 2 Å
データ登録者Oswald, C. / Smits, S.H.J. / Hoeing, M. / Sohn-Boeser, L. / Le Rudulier, D. / Schmitt, L. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
著者: Oswald, C. / Smits, S.H. / Hoing, M. / Sohn-Bosser, L. / Dupont, L. / Le Rudulier, D. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6042
ポリマ－64,6042
非ポリマー00
水3,549197
1
A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3021
ポリマ－32,3021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3021
ポリマ－32,3021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.900, 196.200, 42.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN


分子量: 32302.014 Da / 分子数: 2 / 変異: G251D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: opuC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92N37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.1
詳細: 0.1 Na acetate pH 5.1, 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.10

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.033
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 66140 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2→10 Å / Num. parameters: 41935 / Num. restraintsaints: 82311 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3286 10.3 %RANDOM
all0.201 31898 --
obs0.172 -93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 14.861 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4573
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 0 197 4573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.185
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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