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- PDB-2reo: Crystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2reo
タイトルCrystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in complex with PAP
要素Putative sulfotransferase 1C3
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / SULFATE CONJUGATION / PAP / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / aryl sulfotransferase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfur compound metabolic process / cholesterol metabolic process ...alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / aryl sulfotransferase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfur compound metabolic process / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 1C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Tempel, W. / Pan, P. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in complex with PAP.
著者: Pan, P. / Tempel, W. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2007年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sulfotransferase 1C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3942
ポリマ-35,9671
非ポリマー4271
00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.230, 93.230, 146.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

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要素

#1: タンパク質 Putative sulfotransferase 1C3


分子量: 35966.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1C3 / プラスミド: pET28a-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q6IMI6, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Diammonium tartrate, 0.1M MES, 18% PEG 2000, 5% Ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 11518 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.65-2.7414.10.97811021.068198.7
2.74-2.8518.70.62611070.8751100
2.85-2.9820.20.42411350.9031100
2.98-3.1420.40.25611180.9181100
3.14-3.3420.20.16311420.9491100
3.34-3.620.10.09511321.0361100
3.6-3.9619.80.06411451.1131100
3.96-4.5319.60.04711571.1781100
4.53-5.718.90.04511861.4651100
5.7-4017.30.02812941.024199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.65 Å39.32 Å
Translation2.65 Å39.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2H8K
解像度: 2.651→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.215 / SU B: 22.45 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B factors are residuals from TLS refinement. Programs coot, molprobity have also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 548 4.787 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.228 11447 --
obs0.228 11447 99.686 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.251 Å2-0.626 Å20 Å2
2---1.251 Å20 Å2
3---1.877 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 27 0 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.9592548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84632988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85424.44481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.04153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8221225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4012437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66531805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7752875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3953743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.651-2.7190.316410.35376481898.411
2.719-2.7930.36410.27775379799.624
2.793-2.8740.297300.23974177399.741
2.874-2.9610.319390.22871575799.604
2.961-3.0570.277440.23869574099.865
3.057-3.1630.289380.23668572499.862
3.163-3.2810.288250.22264967599.852
3.281-3.4140.235390.224636675100
3.414-3.5630.225310.21760864099.844
3.563-3.7350.281200.20659661999.515
3.735-3.9330.252280.20456059099.661
3.933-4.1670.24160.193544560100
4.167-4.4490.316240.19514538100
4.449-4.7970.222250.182467492100
4.797-5.2410.271220.204448470100
5.241-5.8380.427270.22839842699.765
5.838-6.6990.237200.256367387100
6.699-8.1040.294120.275322334100
8.104-11.0640.27130.191259272100
11.064-300.278130.36417819697.449
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.49250.60431.08853.9399-0.63465.5393-0.02930.10270.1454-0.04290.2205-0.06790.78970.0969-0.19120.07990.017-0.0394-0.21970.05790.00299.2575-27.19151.7852
212.033-8.329-0.13845.77360.23672.3815-0.05130.17840.2973-0.1020.1561-0.85540.26490.5949-0.10480.1233-0.0121-0.0171-0.1868-0.0034-0.030415.5388-25.26245.1664
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11A42 - 30443 - 305
22B4011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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