PDB-2reo: Crystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2reo

タイトル

Crystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in complex with PAP

要素

Putative sulfotransferase 1C3

キーワード

TRANSFERASE / sulfotransferase / SULFATE CONJUGATION / PAP / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / aryl sulfotransferase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfur compound metabolic process / xenobiotic metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.651 Å

データ登録者

Tempel, W. / Pan, P. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human sulfotransferase 1C3 (Sult1C3) in complex with PAP.
著者: Pan, P. / Tempel, W. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2007年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2reo.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2reo.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2reo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2reo_validation.pdf.gz	818.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2reo_full_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示
XML形式データ	2reo_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	2reo_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2reo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2reo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h8kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ozk-d 4pi9-d 6gr7-d 3k9j-2 3rjz-d 2ovf-d 6sug-d 3cn3-d 5e4o-d 2w21-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative sulfotransferase 1C3

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.230, 93.230, 146.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

#1: タンパク質	Putative sulfotransferase 1C3 分子量: 35966.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1C3 / プラスミド: pET28a-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL 参照: UniProt: Q6IMI6, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂

#1: タンパク質

Putative sulfotransferase 1C3

分子量: 35966.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1C3 / プラスミド: pET28a-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q6IMI6, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類

#2: 化合物

ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸

タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Diammonium tartrate, 0.1M MES, 18% PEG 2000, 5% Ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日 / 詳細: Mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 11518 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.9 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.74	14.1	0.978	1102	1.068	1	98.7
2.74-2.85	18.7	0.626	1107	0.875	1	100
2.85-2.98	20.2	0.424	1135	0.903	1	100
2.98-3.14	20.4	0.256	1118	0.918	1	100
3.14-3.34	20.2	0.163	1142	0.949	1	100
3.34-3.6	20.1	0.095	1132	1.036	1	100
3.6-3.96	19.8	0.064	1145	1.113	1	100
3.96-4.53	19.6	0.047	1157	1.178	1	100
4.53-5.7	18.9	0.045	1186	1.465	1	100
5.7-40	17.3	0.028	1294	1.024	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.65 Å	39.32 Å
Translation	2.65 Å	39.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2H8K

2h8k

解像度: 2.651→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.215 / SU B: 22.45 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B factors are residuals from TLS refinement. Programs coot, molprobity have also been used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	548	4.787 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
all	0.228	11447	-	-
obs	0.228	11447	99.686 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.251 Å²	-0.626 Å²	0 Å²
2-	-	-1.251 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.877 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.651→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1786	0	27	0	1813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.959	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.932	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.854	24.444	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.092	15	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.04	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.268	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.82	2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.401	2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.665	3	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.775	2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.395	3	743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.651-2.719	0.316	41	0.353	764	818	98.411
2.719-2.793	0.36	41	0.277	753	797	99.624
2.793-2.874	0.297	30	0.239	741	773	99.741
2.874-2.961	0.319	39	0.228	715	757	99.604
2.961-3.057	0.277	44	0.238	695	740	99.865
3.057-3.163	0.289	38	0.236	685	724	99.862
3.163-3.281	0.288	25	0.222	649	675	99.852
3.281-3.414	0.235	39	0.224	636	675	100
3.414-3.563	0.225	31	0.217	608	640	99.844
3.563-3.735	0.281	20	0.206	596	619	99.515
3.735-3.933	0.252	28	0.204	560	590	99.661
3.933-4.167	0.24	16	0.193	544	560	100
4.167-4.449	0.316	24	0.19	514	538	100
4.449-4.797	0.222	25	0.182	467	492	100
4.797-5.241	0.271	22	0.204	448	470	100
5.241-5.838	0.427	27	0.228	398	426	99.765
5.838-6.699	0.237	20	0.256	367	387	100
6.699-8.104	0.294	12	0.275	322	334	100
8.104-11.064	0.27	13	0.191	259	272	100
11.064-30	0.278	13	0.364	178	196	97.449

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4925	0.6043	1.0885	3.9399	-0.6346	5.5393	-0.0293	0.1027	0.1454	-0.0429	0.2205	-0.0679	0.7897	0.0969	-0.1912	0.0799	0.017	-0.0394	-0.2197	0.0579	0.0029	9.2575	-27.1915	1.7852
2	12.033	-8.329	-0.1384	5.7736	0.2367	2.3815	-0.0513	0.1784	0.2973	-0.102	0.1561	-0.8554	0.2649	0.5949	-0.1048	0.1233	-0.0121	-0.0171	-0.1868	-0.0034	-0.0304	15.5388	-25.2624	5.1664

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	42 - 304	43 - 305
2	2	B	401	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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