PDB-2rej: ABC-transporter choline binding protein in unliganded semi-closed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rej

タイトル

ABC-transporter choline binding protein in unliganded semi-closed conformation

要素

PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Type II binding protein / Aromatic box / ABC-transporter / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

choline transport / choline binding / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Oswald, C. / Smits, S.H.J. / Hoeing, M. / Sohn-Boeser, L. / Le Rudulier, D. / Schmitt, L. / Bremer, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
著者: Oswald, C. / Smits, S.H. / Hoing, M. / Sohn-Bosser, L. / Dupont, L. / Le Rudulier, D. / Schmitt, L. / Bremer, E.

履歴

登録	2007年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rej.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rej.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rej_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rej_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	2rej_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	2rej_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2rej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2rej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2regC 2rf1C 2rinC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cbb-d 5c9h-2 6x7b-d 4m3k-d 2wp7-1 5r9n-d 2fpx-d 7co3-d 5nrr-d 3rpj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN

B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN

64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.100, 232.500, 47.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

2 biological units in the asymmetric unit

#1: タンパク質	PUTATIVE GLYCINE BETAINE ABC TRANSPORTER PROTEIN 分子量: 32302.014 Da / 分子数: 2 / 変異: G251D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: opuC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92N37
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Na acetate pH 5.0, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 22282 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.222

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.846 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.767 / SU B: 26.351 / SU ML: 0.537 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.85 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Twinning operator is h,-k,-l. Twinning perfect pseudo-merohedral twin.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35867	1158	5.2 %	RANDOM
R_work	0.29563	-	-	-
obs	0.29889	21123	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.01 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4352	0	0	0	4352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.301	1.952	6022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.983	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.813	26.105	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.346	15	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.698	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.5	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.311	2	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.307	3	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.487	4.5	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	76	-
R_work	0.261	1580	-
obs	-	-	98.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4407	0.0902	-0.1617	1.4411	-0.2315	1.0859	0.0311	-0.0608	-0.3351	0.1418	-0.0132	-0.053	0.102	0.0209	-0.0179	-0.0404	-0.0256	-0.0128	-0.036	0.0363	-0.0257	16.251	-9.022	16.07
2	0.9136	0.2561	0.2198	1.8065	-0.5289	1.459	-0.0177	0.0289	0.0783	-0.089	0.0211	-0.005	-0.1916	-0.0798	-0.0033	-0.0336	-0.0136	0.0124	0.0114	0.0153	-0.0862	15.272	14.485	0.559
3	0.7759	0.4424	0.5718	2.2822	0.3544	3.0136	-0.2335	0.0716	0.2677	-0.2776	-0.095	0.0979	-0.5017	0.0636	0.3285	-0.0093	-0.0005	-0.0646	-0.0831	0.0042	-0.0342	2.332	-37.267	4.912
4	1.5806	-0.42	-0.0191	2.2816	-0.3633	2.0747	-0.0768	-0.0617	-0.1297	0.0794	-0.0681	0.0659	0.2335	-0.1025	0.1449	-0.0743	-0.0082	0.0336	-0.0528	-0.0339	-0.0847	0.255	-60.891	20.398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 114	4 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	235 - 314	208 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	120 - 230	93 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	31 - 114	4 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	235 - 314	208 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	120 - 230	93 - 203

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)