PDB-2reg: ABC-transporter choline binding protein in complex with choline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2reg

タイトル

ABC-transporter choline binding protein in complex with choline

要素

PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / Type II binding protein / Aromatic box

機能・相同性

機能・相同性情報

choline transport / choline binding / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Oswald, C. / Schimtt, L. / Smits, S.H.J. / Hoeing, M. / Sohn-Boeser, L. / Bremer, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
著者: Oswald, C. / Smits, S.H. / Hoing, M. / Sohn-Bosser, L. / Dupont, L. / Le Rudulier, D. / Schmitt, L. / Bremer, E.

履歴

登録	2007年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2reg.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2reg.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2reg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2reg_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2reg_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	2reg_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	2reg_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2reg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2reg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rejC 2rf1C 2rinC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rf1-1 2rf1-2 2rin-1 3tmg-4 5nxx-2 6eyh-d 4bg0-d 2eet-d 2o1e-2 2p3p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN

B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.796, 185.414, 42.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN 分子量: 32302.014 Da / 分子数: 2 / 変異: G251D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: opuC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92N37
#2: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na acetate pH 4.6, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月26日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 37385 / 冗長度: 14.1 % / R_sym value: 0.045

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.908 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22242	1687	5 %	RANDOM
R_work	0.17959	-	-	-
obs	0.18172	31972	90.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4384	0	14	269	4667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.05	1.955	6229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.369	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.207	26.373	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.639	15	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.323	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.325	1.5	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.523	2	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.832	3	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.312	4.5	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	116	-
R_work	0.227	2201	-
obs	-	-	85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4407	0.0902	-0.1617	1.4411	-0.2315	1.0859	0.0311	-0.0608	-0.3351	0.1418	-0.0132	-0.053	0.102	0.0209	-0.0179	-0.0404	-0.0256	-0.0128	-0.036	0.0363	-0.0257	16.251	-9.022	16.07
2	0.9136	0.2561	0.2198	1.8065	-0.5289	1.459	-0.0177	0.0289	0.0783	-0.089	0.0211	-0.005	-0.1916	-0.0798	-0.0033	-0.0336	-0.0136	0.0124	0.0114	0.0153	-0.0862	15.272	14.485	0.559
3	0.7759	0.4424	0.5718	2.2822	0.3544	3.0136	-0.2335	0.0716	0.2677	-0.2776	-0.095	0.0979	-0.5017	0.0636	0.3285	-0.0093	-0.0005	-0.0646	-0.0831	0.0042	-0.0342	2.332	-37.267	4.912
4	1.5806	-0.42	-0.0191	2.2816	-0.3633	2.0747	-0.0768	-0.0617	-0.1297	0.0794	-0.0681	0.0659	0.2335	-0.1025	0.1449	-0.0743	-0.0082	0.0336	-0.0528	-0.0339	-0.0847	0.255	-60.891	20.398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 114	4 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	235 - 314	208 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	120 - 230	93 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	31 - 114	4 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	235 - 314	208 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	120 - 230	93 - 203

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)